冰糖橙（Citrus sinesis Osback）具有低酸、脆嫩化渣等优点,深受广大消费者喜欢,在湖南永兴、洪江、麻阳和云南新平有大面积推广种植。课题组从郴州冰糖橙果园中发现冰糖橙红肉芽变,经过观察发现该变异株系红肉性状稳定,是一个优异种质,具有较高的开发潜力。本研究通过对红肉冰糖橙进行果实品质分析、汁胞红色色素分析以及遗传变异分子标记分析,比较红肉冰糖橙与普通冰糖橙、红肉脐橙等品种的差异,以期为其开发和利用提供理论依据。由于柑橘芽变品种间遗传背景相似度高,部分芽变柑橘品种通过现有的DNA分子标记无法鉴定,基于全基因组重测序及生物信息学分析挖掘了柑橘品种鉴定位点,该位点可以为柑橘品种鉴定及品种权益保护提供参考。主要研究结果如下:通过对红肉冰糖橙与普通冰糖橙、红肉脐橙进行果实品质分析及汁胞红色色素分析,发现红肉冰糖橙果实品质与普通冰糖橙相比有明显提升,表现为红肉、低酸、早熟、无籽或少籽,可滴定酸含量为0.2%,番茄红素含量为3.19μg/g,β-胡萝卜素含量为39.80μg/g,类胡萝卜素含量为115.27μg/g,具备成为优良柑橘品种的潜力。基于现有测序分析软件组建了挖掘品种鉴定位点的生物信息学分析流程,应用该流程对54份柑橘品种重测序数据进行分析,获得20个柑橘品种鉴定位点。利用6号柑橘品种鉴定位点,对红肉冰糖橙进行遗传变异分子标记分析,结果表明红肉冰糖橙与普通冰糖橙在DNA水平存在差异,具备成为新品种的遗传基础。