随着对miRNA研究的不断深入,miRNA介导的转录后水平为免疫相关研究提供了一个新的视角,且为选育出抗病能力强、免疫性能高以及肉质健康的品种提供了新的研究方向——抗病育种。确山黑猪为河南省确山县一个历史悠久、群体数量较大的地方优良猪种,本研究采用Solexa测序技术对不同猪种(大白猪与确山黑猪)以及不同生长阶段(3日龄大白仔猪和180日龄大白猪)的脾脏进行miRNA测序并进行生物信息学分析,筛选差异表达与免疫相关的miRNA,为后续利用与免疫相关的miRNA及其靶基因进行抗病育种提供参考依据。本研究结果如下:1.通过对180日龄大白猪和3日龄大白仔猪以及地方品种确山黑猪(180日龄)的脾脏提取总RNA,且成功构建小RNA文库,进行Solexa高通量测序,分别获得293、305和295个已知miRNAs,且同时分别预测到166、244和160个新miRNAs。2.对180日龄大白猪和3日龄大白仔猪测序结果进行分析,筛选得到差异表达的已知miRNA 85个,其中55个miRNA在180日龄大白猪中上调表达,30个miRNA下调表达;对180日龄大白猪和确山黑猪之间分析,筛选出差异表达的已知miRNA 20个,其中12个miRNA在确山黑猪中上调表达,8个下调表达;在180日龄大白猪和3日龄大白仔猪组和180日龄大白猪和确山黑猪组中分别选取差异表达的ssc-miR-122、ssc-miR-1、ssc-miR-451、ssc-miR-486和ssc-miR-4334-3p、ssc-miR-27a、ssc-miR-4331、ssc-miR-1271,采用Q-PCR方法进行验证,结果显示与Solexa测序结果一致。3.对三个样品中的已知miRNA进行靶基因预测,分别得到26508、26600和26567个靶基因;两组差异表达的已知miRNA分别得到23694和16481个靶基因。选取其中ADD2、TRIM58、CD3E和COL4A1共4个靶基因进行Q-PCR验证,结果显示miRNA对其相应靶基因具有负调控作用;进一步对4个靶基因进行广泛组织表达谱分析,结果显示ADD2、CD3E和TRIM58在脾脏中表达量最高,COL4A1基因在脂肪组织中表达量最高。4.通过对5个差异表达的miRNA(ssc-miR-1、ssc-miR-122、ssc-miR-451、ssc-miR-486和ssc-miR-27a)进行GO富集分析,结果显示其靶基因参与了造血作用、白细胞分化、T细胞激活、T细胞激活调控和免疫反应激活等与免疫相关的功能。KEGG通路分析表明13条KEGG调控通路被显著富集,其中肿瘤通路和cGMP-PKG信号通路为靶基因富集最多的两条通路。本研究为miRNA应用于猪场实际生产中提供了新的思路,并为进一步进行猪免疫相关miRNA的分子机理研究和揭示猪miRNA介导的调控功能补充了理论基础,为选育出具有高抗病性品种提供理论依据。