在明清之际的“以儒诠经”(以儒诠回)运动中,马注是上承王岱舆,下启刘智的重要的回族穆斯林思想家。本文以马注的思想发展为线索,以其思想的伊(伊斯兰)儒双重文化认同为切入点,力图在晚明清初中国近世社会转型的大文化背景下对其思想进行系统考察,并在此基础上对马注及其思想作出较为客观评价和合理的学术定位。本文共分四章：　　 第一章：马注生活的时代及其思想的发展,主要交待了马注所处的具体时代背景,分析了马注思想从以“儒文”经世到以“正教(伊斯兰教)”经世,乃至抛弃“世功”梦想,专注于民族宗教、文化事业的转变历程,力图在晚明清初中国近世社会转型的具体时代背景下对马注思想进行动态考察。认为,青年时代,即三十岁以前,在思想特征上,马注虽然作为穆斯林,但其所展示的基本是中国传统士大夫的思想风貌:三十岁到四十九岁期间,马注开始关注伊斯兰教并深入研究其经典,期图以“正教”经世,但由于世功无望,个人经历的挫折,马注的思想逐渐发生转变；四十九岁到大约七十一岁,马注热心于宗教事务,反对“异端”,潜心向主,并作为伊斯兰教学者,专注于其作《清真指南》的修订辑补工作,直至大约七十一岁时郁郁而终。　　 第二章：马注伊斯兰思想的来源,主要探讨了伊斯兰教正统、苏非主义对马注思想的影响,以及前辈及同时代中国穆斯林学者对马注思想形成的影响。认为由于中国伊斯兰教的正统伊斯兰教传统以及经堂教育在兴起过程中与苏非主义的密切结合,马注思想中对此有明显的继承。另外,由于马注“以儒诠经”的译著形式,其思想对早期汉文译著家,尤其对王岱舆的思想有明显的继承。同时,由于三十岁以后的游历、访学,广为求教,与其处于同时代中国穆斯林学者对马注思想的形成也有重要影响。　　 第三章：《清真指南》与中国伊斯兰教思想体系,主要从三个方面详细考察了马注的伊斯兰思想。首先考察了《清真指南》中对“六大信仰”的阐述,认为马注对“六信”的阐述虽然有明显的苏非主义特征及中国传统文化特色,但是其主体仍是正统伊斯兰的。其次考察了马注的伊斯兰功修思想,认为其功修思想在强调伊斯兰的基本宗教功课“五功”的同时,也强调内外兼修,非常注重内在的心性修炼,具有明显的伊斯兰正统、苏非主义、中国宋明新儒家以及先秦道家等相结合的多重文化特色。再次,考察了马注的伊斯兰伦理思想,认为马注的伊斯兰伦理思想,从其思想内容到其理论展开模式都明显地受到了中国传统文化的影响,并认为马注的伊斯兰伦理思想是其伊斯兰思想中本土化程度最深的部分。　　 第四章：中国回回伊斯兰思想史中的马注,主要对马注在回回伊斯兰思想史中的学术地位给予历史性考察,继而探讨了马注对汉文伊斯兰译著运动以及伊斯兰教中国化的影响。认为在早期的三位译著家(王岱舆、马注、刘智)中,由于在“以儒诠经”运动中,马注的影响不如王岱舆、刘智,因此,在中国伊斯兰学术文化圈内,相比较而言,对马注的评价要略低于王岱舆、刘智。然而,就在中国伊斯兰教中的实际影响而言,由于马注注重对教义、教理忠于原文的阐述,且由于马注长期游历、访学活动中对自己著作的宣传,因此在中国穆斯林中的实际影响上,尤其在对一般穆斯林群众的影响上,马注可能超出王岱舆、刘智,其作《清真指南》流传的范围可能也在王岱舆《正教真诠》之上。同时,尽管在“以儒诠经”运动中,马注的影响不如王岱舆、刘智,但是由于马注首先将“以儒诠经”的译著思想具体化、明确化,并明确提出“回儒互补”的伊斯兰教发展观,因此在汉文伊斯兰译著运动的发展以及伊斯兰教的中国化等方面,马注的作用是重要的,不可忽视的。　　 文章结论认为,马注是兼具回(伊)儒两种文化气质的穆斯林思想家,虽然其伊斯兰思想主体的正统伊斯兰性质是确证无疑的,然而在执着持守正统伊斯兰信仰的同时,马注也并不否定或排斥儒家文化,而是强调“回儒兼修”。因此,总体上,马注的思想呈现出回(伊)儒双重文化认同的特征；在中国伊斯兰教的发展上,马注强调“回儒互补”,也是超越民族主义、卫教主义立场的,实际是希望通过“公公理于天下”的途径来实现其一以贯之的“经世”理想,这与其思想初衷也是完全一致的,而马注高尚的人格精神从中也得到了最好的彰显和印证。