自上世纪90年代，房地一体原则被确立为房地权利处分立法的基本原则。它强制规定了房屋所有权和土地使用权的处分一体化，具有减少纠纷、便利司法操作的作用。但由于历史条件限制、对意思自治重视不足以及研究方法偏差，房地一体原则在社会实践中产生各种消极影响，引起学界热烈讨论。为合理设置房屋所有权和土地使用权处分规则，本文设想房地权利具有分离处分的可能，并以“权利客体关系和权利关系决定权利处分关系”为研究思路，以房地权利分离处分的法理分析为基础，以设计房地权利分离处分规则为目的展开研究。通过比较分析一元主义和二元主义，本文认为房屋和土地互为独立物并且不构成主从物关系；在房地权利关系上，房地权利主从关系说、房地权利吸附说、效率价值说均从反面揭示了房屋所有权和土地使用权的分离处分具有必要性、可行性和正当性。作为房地一体原则的限制，房地权利分离处分规则应设置为“当事人书面明示约定房地权利分离转让的，可以通过设立租赁权实现房地权利分离转让，房屋买受人转让房屋所有权的，土地买受人享有优先购买权。若无约定，则推定建筑物所有权与土地使用权保持处分一致。”最后，本文将房地权利分离处分规则适用于农村小产权房合法化问题，通过为农村小产权房提供合法化的理论基础以及合适的解决方案，验证房地权利分离处分规则的可操作性。