【摘 要】
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线粒体基因组已广泛应用于比较和进化基因组学、分子进化、系统发育和群体遗传学。但关于瘿蜂科线粒体基因组的信息非常有限,已知的线粒体基因组仅一种客瘿蜂Synergus sp.、栎空腔瘿蜂Trichagalma acutissimae和刘氏栗瘿蜂Dryocusmus liui。本文采用引物步移法对麦氏安瘿蜂5个不同地理种群的线粒体全基因组进行了测序,描述了麦氏安瘿蜂不同地理种群的线粒体基因组基本特征及变
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线粒体基因组已广泛应用于比较和进化基因组学、分子进化、系统发育和群体遗传学。但关于瘿蜂科线粒体基因组的信息非常有限,已知的线粒体基因组仅一种客瘿蜂Synergus sp.、栎空腔瘿蜂Trichagalma acutissimae和刘氏栗瘿蜂Dryocusmus liui。本文采用引物步移法对麦氏安瘿蜂5个不同地理种群的线粒体全基因组进行了测序,描述了麦氏安瘿蜂不同地理种群的线粒体基因组基本特征及变异,分析了麦氏安瘿蜂线粒体基因组的基因重排和系统发育。主要研究结果如下:(1)麦氏安瘿蜂线粒体基因组长度为16,504-16,578 bp,包含37个基因。其中,蛋白编码基因(PCGs)13个、核糖体RNA(rRNA)2个、转运RNA(tRNA)22个。具2个控制区(CR)。tRNA基因中,除trnS1外,其余21个tRNA基因均能折叠成三叶草形状的二级结构。在5个地理种群中皆检测到2个CR区,两个CR区中具有一段反向重复序列。(2)从cox1和cytb的遗传距离图谱发现:A.mairei ILV89的cox1基因同除A.mairei SC以外的其它麦氏安瘿蜂的遗传距离为0.0015~0.0168(<0.02),但是在cytb基因中的遗传距离为0.0647~0.0787,cox1和cytb的遗传距离差距很大;A.mairei ILV91的cox1基因与A.mairei SC的遗传距离为0.0018,二者的亲缘关系非常相近;但是在cytb的遗传距离为0.0719。在贵定(GD)、庆元(QY)、韶关(SG)、周宁(ZN)种群的CR区中发现了 AT富含区和非串联重复两个亚区,而在遂昌(SC)种群中只发现了 AT富含区。遂昌(SC)和贵定(GD)的滑动窗口分析和遗传距离分析表明,13个蛋白质编码基因和2个rRNA中核苷酸多样性不高,cox1、nad1和nad4的进化率相对较低,而nad3、cox3和cytb的变异性较高。(3)通过与昆虫原始线粒体基因组进行比较,在转移RNA(tRNA)基因、蛋白质编码基因和核糖体RNA(rRNA)基因中发现了基因重排。与其他瘿蜂科物种一致,麦氏安瘿蜂基因重排具有四个明显特征:trnE和trnF有倒置和交换位置;rrnL和rrnS基因进入cob-nad1连接;在nad1和nad2之间形成了新的tRNA基因簇trnLI-trnL2-trn W-trnM-trnQ;trnV倒置并移动到nad2-cox1基因连接。此外,麦氏安瘿蜂有两种线粒体环状DNA分子。线粒体基因组type-Ⅱ与type-Ⅰ的不同之处在于一个大的反向重排包括两个CR区和两个rRNA基因。(4)结合 cox1、CR 区、PCG123+2rRNA 和 PCG12+2rRNA 构建的 BI 树和ML树,发现遂昌(SC)种群是与麦氏安瘿蜂近缘的新物种。在系统发育中,我们评估了第三密码子位置的包含/排除的影响。结果表明,该拓扑结构是比较稳定的,而节点支持度随数据集和建树方法的变化而变化。
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