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目的：了解2009～2011年大连地区EV71流行情况；对分离出的EV71毒株进行部分基因片段的核苷酸和氨基酸序列测定，构建系统发生树和同源性分析，以确定其基因型别；对与毒株毒力相关基因序列进行比较分析，探寻毒株毒力与基因序列之间的关系，为今后EV71的防治及防控提供科学依据。方法：收集大连市手足口病监测哨点医院门诊就诊病例和手足口样病例，将来自监测哨点医院的咽拭子和粪便标本用荧光RT-PCR方法检测为EV71的阳性标本接种于RD细胞，经传代培养后分离EV71病毒，提取病毒RNA，利用RT-PCR方法分别扩增出VP1、VP4、5’UTR基因片断，对扩增产物进行核苷酸序列测定，用DNAStar软件与EV71各基因亚型代表株进行序列比较，分析其核苷酸序列和氨基酸序列的同源性，以及不同临床症状的毒株与核苷酸和氨基酸序列之间的关系。结果：1、2009～2011年期间共检测533份样品，其中EV71阳性333份，阳性率为62.48%。533份病例中，男317例，女216例，男女比例为1.47:1。其中男性患者EV71阳性率为61.51%，女型患者EV71阳性率为63.89%。0～5岁为手足口病高发年龄，以托幼儿童为主。2、VP1区序列分析表明：选取9株RD细胞分离培养的EV71毒株进行VP1序列扩增并测序，其结果用DNAStar软件分析，这9株EV71毒株均属于C4a亚型，其核苷酸之间的同源性为88.7%～99.9%；氨基酸之间的同源性为96.7%～100%。与BRCR-CA-70的核苷酸同源性为79.4%～81.5%；与B型核苷酸同源性为：81.8%～84.7%；与C亚型核苷酸同源性为85.2%～99.2%,而与C4同源性高达90.0%～99.2%，其中与C4a的同源性最高为93.7%～99.2%，与C4b的同源性为90.0%～94.1%。对重症来源的毒株，在第227位核苷酸发生了T→C的碱基置换，而轻症来源的毒株均未发生改变。对于氨基酸序列比较上未发现一致性改变。3、VP4区序列分析表明：9株毒株的VP4氨基酸序列高度一致，只是在第52位dalian1-09株发生了K→R的改变，第62位氨基酸dalian4-10株发生了T→S的改变，其余各株氨基酸序列均一致。没有发现重症来源的毒株和轻症来源的毒株在氨基酸或核苷酸序列上相应固定的变异。4、5’UTR区序列分析表明：9株毒株在第208位核苷酸,重症来源的样品发生了碱基置换（G→A）；在第254位核苷酸，重症来源的样品发生了碱基置换（A→G）。氨基酸序列未发现一致性改变。结论：1、2009年-2011年大连地区手足口病的主要病原体为EV71，其基因型别为C4a亚型，这与中国大陆的大部分地区流行株相一致。2、基于VP4的基因分型与VP1的基因分型相一致，均为C4a亚型，且VP4序列高度保守。3、在毒株的毒力分析上，重症来源的毒株，在VP1的第227位核苷酸发生了T→C的碱基置换，而轻症来源的毒株均未发生改变。VP4的核苷酸序列和氨基酸序列均未发现与临床症状相对应的改变，而在5’UTR序列上发现了第208位核苷酸的碱基置换（G→A），这一结果还有待于进行下一步的研究。