随着城镇经济发展和农村生产力水平提高,农民工群体呈现出庞大体量优势,成为新型城镇化战略的重要支撑力量。基本医疗保险作为补偿劳动者因疾病风险造成经济损失而建立的制度,对农民工群体抵御疾病风险、保障健康权益发挥了重要作用。然而,由于我国基本医疗保险存在政策不足以及农民工群体出现代际分化,现行基本医疗保险制度逐渐无法满足农民工群体对健康保障的需求。鉴于此,本文在分析两代农民工基本医疗保险参与现状基础上,探讨两代农民工基本医疗保险参与决策的影响因素,并对完善基本医疗保险制度、保障农民工健康权益提出了针对性的政策建议。本研究以“农民工基本医疗保险参与决策的代际差异”为切入点,遵循“理论研究-实证研究-政策研究”的研究路径,以2018年全国流动人口动态监测数据（CMDS）为样本基础开展实证分析。首先,对两代农民工基本医疗保险参与决策的基本特征进行统计描述分析,将个人特征、家庭特征、就业特征、社会特征和流动特征纳入统计范畴,并对两代农民工在参保类型、重复参保、流入地和流出地三方面的基本医疗保险参保情况进行比较。其次,构建二元Logistic回归模型,分析代际差异对农民工基本医疗保险参与决策及参与各类基本医疗保险的影响,并利用二元Probit模型进行稳健性检验。结果表明:两代农民工都倾向于参加农村基本医疗保险,而新生代农民工的城镇职工基本医疗保险参保率高于第一代农民工参保率;两代农民工均存在重复参保现象;两代农民工在流入地和流出地的基本医疗保险参与决策上存在差异;个人特征、家庭特征、就业特征、社会特征和流动特征对两代农民工基本医疗保险参与决策有显著影响。基于研究结论,本文从保障农民工基本医疗保险权益、提高农民工人力资本水平、有序清理农民工重复参保和完善基本医疗保险异地转移接续机制等四方面提出了对策建议。