二代测序技术检测急性髓系白血病基因突变及其预后意义

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目的:通过二代测序技术(NGS)检测急性髓系白血病(AML)患者的基因突变,以了解AML基因突变谱,并探讨AML基因突变与临床特征之间的相关性及其预后意义。方法:选取2017年9月至2021年3月初次就诊于本中心接受治疗并行NGS检测基因突变的205例原发AML(非APL)患者为研究对象。收集所有患者的临床资料,包括性别、年龄、初诊白细胞计数、血红蛋白含量、血小板计数、染色体核型、法美英(France-American-Britain,FAB)分型、基因突变情况等,并追踪这些患者的预后生存情况。比较基因突变组与野生组患者临床资料的差异性,以及无事件生存时间(EFS)和总生存时间(OS)的差异。分析各基因突变对AML患者预后的影响,并对患者的临床特征进行单因素分析及多因素分析,对影响患者OS的因素进行cox回归分析。结果:1.基因突变频率:205例AML患者中,基因突变总发生率为91.7%(188/205例),每例患者平均发生2.47个基因突变,47.3%(97/205)的患者同时携带≥3个基因突变。突变频率>10%的基因有8个,其中突变频率最高的基因为NPM1(24.4%,n=50),其他基因依次为:DNMT3A(22.4%,n=46)、TET2(22.0%,n=45)、FLT3-ITD(19.5%,n=40)、CEBPA(16.6%,n=34)、IDH2(15.6%,n=32)、NRAS(15.1%,n=31)、IDH1(11.2%,n=23)。2.基因突变与临床特征的关系:(1)TET2、SRSF2、RUNX1、IDH2、BCORL1、U2AF1及IDH1基因突变在年轻和老年AML患者中的发生频率存在差异,这些基因均在老年AML患者中有相对较高的发生率(P均<0.05),而NRAS及KRAS基因突变在年轻AML患者中较老年患者有着较高的发生频率。(2)DNMT3A、NRAS及U2AF1在不同的FAB亚型之间分布并不均匀,多见于M5型AML患者中。(3)伴NPM1、DNMT3A及FLT3-ITD基因突变的AML患者染色体核型多为正常核型,而伴KIT基因突变AML患者染色体核型多为异常核型。3.基因突变之间存在共现和互斥模式:NPM1突变与DNMT3A(P=0.001)、FLT3-ITD(P<0.001)和TET2(P=0.029)突变显著相关,但与CEBPA(P=0.027)、ASXL1(P=0.048)、WT1(P=0.024)和TP53(P=0.024)突变相互排斥。FLT3-ITD突变与DNMT3A突变(P=0.019)显著相关,但与NRAS(P=0.032)和KIT(P=0.046)突变相互排斥。TET2突变与ASXL1(P=0.009)和RUNX1(P=0.026)突变显著相关,但与KIT(P=0.045)突变相互排斥。CEBPA与WT1(P=0.001)和GATA2(P=0.001)显著相关。4.单基因突变对AML患者的预后影响:在对单基因突变的生存分析中,TET2、U2AF1及SRSF2基因突变预测原发AML患者更短的OS或EFS(P均<0.05),DNMT3A突变组较野生组有更短的OS(P<0.05)。而DNMT3A及FLT3-ITD突变预测更高的诱导缓解失败的可能性(突变组CR率均明显低于野生组,P均<0.05),IDH2基因突变预测更高的复发可能性(P=0.028)。5.AML患者预后的其它单因素分析:单因素生存分析显示,老年患者与年轻患者相比有更短的OS,差异有统计学意义(P=0.014);较高的初诊白细胞数(≥25×10~9/L)会带来更差的OS,差异有统计学意义(P=0.010);较高的骨髓原始细胞比例(≥80%)会带来更差的OS,差异有统计学意义(P=0.034);伴预后不良染色体核型组患者较预后中等及预后良好染色体核型患者均有更差的OS(P=0.000);拥有≥3个基因突变的患者有更差的OS(P=0.031);伴CD7及CD11B免疫表型的患者均有更差的OS(P=0.034,P=0.033);而1-2程诱导化疗后能够完全缓解者及CR1后行异基因造血干细胞移植者均有着更好的OS(P=0.000)。6.AML患者预后的多因素分析:年龄≥60岁(HR:1.724,95%CI:1.104-2.694,P=0.017)、初诊时外周血白细胞数(≥25×10~9/L)(HR:0.036,95%CI:0.405-0.998,P=0.049)、初诊时骨髓原始细胞比例(≥80%)(HR:0.573,95%CI:0.342-0.960,P=0.035)、不良预后染色体核型(HR:6.878,95%CI:2.206-21.446,P=0.001)、DNMT3A突变(HR:0.613,95%CI:0.382-0.982,P=0.042)、TET2突变(HR:0.548,95%CI:0.342-0.878,P=0.012)及SRSF2突变(HR:0.450,95%CI:0.229-0.887,P=0.021)均是AML患者预后不良的独立危险因素。结论:(1)90%以上的AML患者存在1个及1个以上的基因突变,突变频率较高的基因为NPM1、DNMT3A、TET2、FLT3-ITD、CEBPA、IDH2、NRAS和IDH1。(2)AML患者基因突变与年龄、FAB分型及染色体核型等临床特征相关。(3)不同基因突变之间存在协同及互斥模式。(4)年龄≥60岁、初诊时外周血白细胞数≥25×10~9/L、初诊时骨髓原始细胞比例≥80%、不良预后染色体核型、DNMT3A突变、TET2突变及SRSF2突变均是AML患者预后不良的独立危险因素。(5)2017 ELN风险分组中预后良好组未能预测相应预后,需进行更多突变基因、多基因联合等分析,建立更为准确的风险分层体系,指导治疗决策。(6)NGS技术凭借其高通量、高敏感性和高特异性等优势可以帮助进一步完善AML基因突变谱及联合多基因突变进行分析。
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