在当前的环境下,信息化、数字化、全球化进程深度融合相互推动,全球正面临新一轮科技革命与产业变革,世界格局正向多极化发展,国际竞争愈加激烈,单个企业若按照旧的发展模式仅仅凭借自身的资源来取得竞争中的优势地位存在困难,传统的封闭性技术创新模式已无法适应企业的发展,为谋求自身可持续发展,创新主体试图通过创新生态系统来获取发展所需创新资源,降低创新风险。企业的竞争也不仅仅是单个个体间的对抗,而是转向生态化、有机式、系统性范式发展,逐步升级于生态系统之间或系统内部业务领域间的竞争。在实践领域,学者针对创新生态系统相关方面进行的深入研究主要集中在政府政策、产业环境改善、创新文化氛围打造、资金投入、创新人才支撑等方面。创新主体在合作过程存在的合作冲突会影响成员之间的有效合作,同时影响自身创新,但目前对该方面相关研究较为不足。基于此,本文以创新系统理论、合作冲突相关理论和合作行为理论等理论观点为基础,试图构建结构方程模型,界定合作冲突的不同类型,引入合作行为中介变量来研究创新生态系统主体合作冲突与其创新绩效间的关系命题。希望通过以上分析,对企业创新生态系统中主体合作冲突与创新绩效的影响机制进行充分了解,能够有针对性地对创新生态系统主体的合作提出的建设性的对策与建议,为促进创新绩效的提升提供参考策略,为创新生态系统的可持续发展提供借鉴。首先,梳理总结学术界关于企业创新生态系统合作冲突和创新绩效的相关研究以及合作冲突与其创新绩效之间的关系研究,对相关概念进行界定,概述理论基础。其次,分析创新生态系统中主体合作冲突的诱发机制。基于现有文献和理论的基础上,构建研究概念模型,提出假设,构建变量指标体系。再次,通过问卷调研的方式收集一手数据,利用Smart-PLS2.0软件验证企业创新生态系统中主体的合作冲突对其创新绩效影响的概念模型,并对实证结果进行分析。研究结果表明:（1）企业创新生态系统中主体任务冲突对创新绩效有显著的正向影响;（2）企业创新生态系统中主体关系冲突对创新绩效有显著的负向影响;（3）企业创新生态系统中主体过程冲突对创新绩效有显著的负向影响;（4）合作行为在创新主体合作冲突和创新绩效之间的中介效果显著。最后,基于以上研究结论,针对创新生态系统中主体间不同类型合作冲突对创新绩效的影响,为促进创新绩效的提升在企业、政府中介层面给出可行的对策建议。