FGF信号通路调控大鼠再生肝及其肝细胞DNA合成的时序研究

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肝再生(liver regeneration,LR)是一个复杂而又协调的生理过程,它涉及所有的残肝细胞相互协同完成,包括细胞因子和生长因子的活化,细胞的增殖和凋亡、糖类代谢、细胞迁移、肝脏结构重建等许多重要的生理活动。肝细胞(hepatocytes,HC)作为占到肝脏细胞总数70%—80%的最重要的肝实质细胞,其在肝脏再生过程中的重要作用不言而喻。为阐述成纤维细胞生长因子(fibroblast growth factor,FGF)信号通路的基因组学表达情况及其与大鼠肝再生的相关性,另外了解基因转录水平上FGF信号通路相关基因在大鼠肝再生的肝组织和肝细胞中的作用异同。本文用大鼠全基因组芯片RatGenome2302.0分别检测了FGF信号通路相关基因、DNA合成相关基因、FGF信号通路调节的DNA合成相关基因的表达谱,并用实时定量-聚合酶链式反应(Real-time-Polymerase chain reaction, RT-PCR)确证了芯片检测结果的可靠性。研究表明,FGF信号通路、DNA合成和FGF信号通路调节的DNA合成分别包含319、917和107个基因,Rat Genome2302.0芯片含其中的194、763和87个,大鼠再生肝中的有意义表达基因个数分别是61、381和40,肝细胞中的有意义表达基因数分别是76、365和37个。另外,用BLAST软件分析Affymetrix芯片上未知的肝再生相关基因同源性发现,大鼠再生肝中FGF信号通路、DNA合成、FGF信号通路调节的DNA合成相关基因的同源新基因分别有28、65、5个。肝细胞中的同源新基因分别有10、45和6个。然后,用谱函数(Et)计算相关基因的表达变化及它们预示的细胞增殖活动表明,在大鼠再生肝中,途径2、3和9在大鼠肝再生起始和进展阶段的信号传导活动增强;DNA合成和FGF信号通路调节的DNA合成活动亦在起始和进展阶段增强,并且和信号传导活动正相关。在肝细胞中,途径2、9在起始和进展阶段、途径3、16在整个大鼠肝再生、途径4、6在进展和终止阶段的信号传导活动增强;而DNA合成和FGF信号通路调节的DNA合成活动在整个肝再生中都显著性地增强,且同样和其信号传导活动呈现正相关。最后,本文又用信息熵IG(Information Gain)方法挖掘关键基因和Pathway Studio7.0软件分析其关键基因的作用机理表明,在大鼠再生肝中,途径2通过关键基因Dusp1、Nifkbia,途径3通过关键基因Dusp1、Mapk3,途径9通过关键基因Ccnd1、Pak3增强MAPK, PI3K/Akt,ERK1/2和PLCγ等多条途径,提高关键基因Jun、Myc、Fos和其他相关基因的表达,促进DNA合成。在肝细胞中,途径2通过关键基因Dusp1、Nifkbia,途径3通过关键基因Dusp1、Mapk3,途径9通过关键基因Ccnd1、Pak3,途径4、6、16通过关键基因Smn1、Akt3提高关键基因的表达,促进DNA合成。结论:在大鼠肝再生中,FGF信号通路中3条和6条途径的信号传导活动增强和DNA合成活动增强正相关。
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