本研究以分布在我国辽宁、吉林、黑龙江三省天然红松(Pinus koraiensis)的25个种群共125个个体为材料,通过PCR产物直接测序的方法测定了叶绿体DNA(cpDNA)trnL-FB非编码区序列,并根据此数据进行分子系统地理学研究,以探讨我国东北地区天然红松系统发育地理模式,初步推测第四纪冰期来临时我国天然红松可能的冰期避难所以及冰期后的扩散情况。　　 测序共得到DNA序列116条,可信长度介于661bp-666bp,平均长度为661.2bp,显示出长度多态性。在碱基组成方面,A+T含量(65.3％)较G+C的含量(34.7％)略高,许多非编码区序列都具此性质。A、T、G、C四种核苷酸的平均比例分别为32.8％、32.5％、17.4％、17.3％。　　 通过Clustal X ver1.81软件对获得的116条DNA序列进行比对分析,共发现变异位点20个,变异类型16种,定义cpDNA单倍型共17种,命名为HA-HQ。其中单倍型HA分布广泛,代表各种群来源相同的组成部分,为祖先单倍型,其余单倍型多为特有单倍型,少数单倍型存在共享现象。结合种群地理分布状况,可以看出,辽宁、吉林、黑龙江地区的各别种群存在基因交流,单倍型的共享方式只有辽宁-吉林、黑龙江-吉林两种,其中吉林省包含了大多数的单倍型,远远多于其他两省。　　 通过分子进化遗传分析软件MEGA4.0构建天然红松单倍型的NJ法系统进化树,结合种群的地理分布及综合共享单倍型和特有单倍型的分布情况,首先确定我国天然红松在第四纪冰期来临时的避难所为位于吉林省境内的JA-DQG(集安大青沟林场)种群和DST-QL(敦化青林林场)种群。其次,瓶颈效应造成了不同单倍型在避难所内随机固定。最后,在冰川消退之后,这两个种群内的红松向周边扩散,并逐步扩散至辽宁省和黑龙江省。基于奠基者效应,这些随后产生的现代间断分布的种群拥有共同的单倍型,而某些较特殊的扩散路径仍有待进一步研究。