我国长期不存在明确的村镇房屋产权登记制度,导致村镇房屋产权不清,管理混乱,村镇居民的合法房屋财产权利易受侵犯。随着《中华人民共和国物权法》和《房屋登记办法》的相继出台,我国村镇房屋产权登记制度首次为法律明确规定。各地基层人民政府制定了具体的登记规定,积极推进村镇房屋的初始登记工作。在此制度背景下,笔者通过对黑龙江、山西、浙江、福建、广东5省6个县的实地调研和数据分析,实证了我国当前村镇房屋初始登记中存在的具体问题,并发现在我国禁止村镇房屋抵押与流转的法制背景下,村镇居民仍旧有较为强烈的房屋流转意愿与融资需求。在实证调研的基础上,笔者认为应当在坚持自愿登记原则和合法登记原则的前提下,逐步统一登记机关,提高初始登记比例。由于“一户多宅”、“超面积”房屋以及非集体户口人员占有的村镇房屋来源未必非法,应该采取区别对待的方式,对于非法取得的上述房屋一律不予登记,对于取得房屋时未违反法律规定的,应当准许登记,以切实保护村镇居民的合法财产权利。最后,笔者简单探讨了村镇房屋抵押登记和转移登记问题。由于宅基地制度的制约,我国村镇房屋抵押登记和转移登记如“一纸空文”,无法实现。然而,宅基地制度的生存保障作用在现阶段不能被其他制度取代,农村医疗保险、养老保险、失地保险制度也尚未完善。因此,现阶段不适宜通过改变或调整宅基地制度来解决抵押登记和转移登记问题。然而,由于村镇居民确实具有较为强烈的房屋流转意愿与抵押需求,所以应该鼓励地方政府以试点的方式继续探索抵押登记和转移登记的合理性与可行性。