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骨形态发生蛋白4(BMP4)属于转化生长因子超家族(TGF-β)的重要成员之一,BMP4基因是机体生长发育过程中的必须因子,尤其在诱导骨骼的形成及生长方面具有重要的调控作用。鉴于BMP4基因有如此重要的功能,故本实验以BMP4基因作为影响山羊生产性状的候选基因,在分子克隆基础上,检测了山羊BMP4基因的多态性,并进行了不同基因型与生产性状的关联分析,以期筛选出影响山羊生产性能的主效基因。首先,提取血液基因组DNA,并依据已知BMP4部分基因组序列为基础,设计3对引物,分别扩增山羊BMP4基因的启动子、第1内含子以及3’UTR序列。通过生物信息学分析方法,确定了山羊BMP4的核心启动子序列以及3’UTR的转录因子调控原件。结果分析表明,山羊BMP4核心启动子无典型的TATA-box结构、和CAAT框、GC含量丰富,在-250/-10bp范围的核心启动子区域内发现了SP1(stimulating protein 1)、TFII-I、AP-2alphaA (activating enhancer binding protein 2 alpha)、c-Ets-1(E26 transformation-specific)等转录因子结合位点。同源性分析表明山羊、牛、猪、人和小鼠的BMP4启动子区域序列结构高度保守,各物种间序列同源性分别为96.45%、90.79%、89.56%、82.26%。在3’UTR区发现了一个AATAAA多聚信号元件、2个启动mRNA快速降解的ATTTA序列元件和一个CA微卫星重复序列。这些转录元件可能在调控mRNA的稳定性方面具有重要的生物学功能。在DNA提取和山羊BMP4非编码基因组序列克隆的基础之上,通过PCR-SSCP和PCR-RLFP技术检测了山羊BMP4基因的分子变异。结果:在山羊BMP4内含子3处检测到了两处突变;G2203A和G2214C,在3’UTR区域的微卫星序列检测到了3个等位基因,具有AA、BB、CC、AB、AC和BC等6种不同的基因型。其中BB等位基因为该微卫星序列的优势等位基因。群体遗传学分析表明:2203和2214多态位点均为低度多态性(P<0.25); 3’UTR区域的CA微卫星多态性则达到了中度多态性(0.25>PIC>0.5)。这意味着该多态性位点尚有较大的选育空间,我们可以将该基因做为候选基因,进一步研究其与生长性状的相关性关系。通过多重比较分析基因型对山羊体重、体高、体长等生长性状指标相关性关系。结果表明:2203位点处,各基因型间,体长和管围的最小二乘均值均差异不显著(p>0.05),而体重、体高等性状之间存在显著的差异性(p<0.05);2203和2214位点合并基因型分析结果与2203单位点分析结果一致; 3’UTR区的微卫星多态性表明:BB型个体体重指标与其他基因型的个体之间存在显著的差异性(p<0.05),而其他性状间差异不显著,该结果表明3’UTR区的微卫星序列,可能与两个SNP位点之间存在连锁关系。故可以初步推断BMP4基因可能是影响山羊生产性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个分子标记。