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沙门氏菌是世界范围内人和动物的重要病原菌。动物源性食品是人感染沙门氏菌的主要来源,而鸡和猪是国内最重要的动物源食品。因此,了解鸡、猪饲养过程及食品加工过程中的沙门氏菌污染情况,对控制沙门氏菌的传播、降低食品安全隐患有着重要的意义。为了缩短检测时间,也为临床诊断提供依据,经筛选、优化制定了快速检测沙门氏菌的PCR方法。应用所建立的方法对收集的临床样品进行筛查和沙门氏菌分离鉴定,对沙门氏菌分离菌株进行血清学鉴定、耐药性表型及基因型分析以及MLST分子溯源研究,以阐明不同来源沙门氏菌菌株的内在关系,为沙门氏菌病的防控提供依据。一、沙门氏菌快速检测方法筛选与优化本方法基于国家标准《GB4789.4-2010食品微生物学检验沙门氏菌检验》的常规方法,为缩短检测时间,并且根据动物源样本自身的特点,筛选并优化了增菌方法,制定了快速检测沙门氏菌的PCR方法,将沙门氏菌常规分离、鉴定方法中增菌的时间缩短至4～6 h,将原本2～3天的鉴定时间缩短到1天之内,达到快速检测沙门氏菌的目的。二、鸡源、猪源沙门氏菌MLST分子溯源及耐药性研究对从江苏地区鸡源及猪源样品中分离获得的134株沙门氏菌,进行血清学分型和14种临床常用药物敏感试验(包括氨苄青霉素、阿莫西林、头孢噻肟、头孢吡肟、头孢哌酮、头孢曲松、庆大霉素、卡那霉素、阿米卡星、萘啶酸、环丙沙星、四环素);另外,对沙门氏菌耐药基因岛(SGI)中主要的耐药基因(包括β-内酰胺酶基因、sull、aacC4、aac(6’)-1b、floR等)进行检测,通过多位点序列分型(MLST)进行分子溯源分析,研究鸡源、猪源沙门氏菌耐药表型、基因型及传播特征。134株沙门氏菌分为4个血清型:肠炎沙门氏菌、印第安纳沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌和鸡白痢沙门氏菌。健康鸡群分离株为肠炎沙门氏菌(36株)和印第安纳沙门氏菌(40株),健康猪群分离株为德尔卑沙门氏菌(14株)和印第安纳沙门氏菌(2株)。从扬州大学兽医院收集的病禽样品中沙门氏菌为肠炎沙门氏菌(31株)、印第安纳沙门氏菌(6株)和鸡白痢沙门氏菌(5株)。MLST分型结果表明,134株沙门氏菌可以分为6个ST型:ST11、ST17、ST92、ST40、ST64及ST155。肠炎沙门氏菌为ST11型,印第安纳沙门氏菌为ST17型,鸡白痢沙门氏菌为ST92型,德尔卑沙门氏菌分别为ST40、ST64及ST155。在所有沙门氏菌分离菌株中,对萘啶酸、氨苄青霉素、四环素和头孢哌酮的耐药性较高,分别达到92.5%、80.7%、72.5%和65.1%;其中肠炎沙门氏菌对萘啶酸、氨苄青霉素、四环素和头孢哌酮的耐药性较高,分别达到94.2%、89.8%、62.3%和57.9%;猪源德尔卑沙门氏菌对四环素、萘啶酸、磺胺甲嗯唑和氯霉素的耐药性较高,分别达到100%、94.7%、68.4%和57.8%;印第安那沙门氏菌在14种抗生素中,对11种抗生素耐药达到75%以上,且对所有的14种抗生素耐药达50%以上。48株印第安纳沙门氏菌共产生27种耐药谱,其中41个菌株对9种以上的抗生素耐药,此外,有7个菌株对所有抗生素耐药;67株肠炎沙门氏菌共产生20种耐药谱,有2株对9种以上的药物耐药,部分菌株形成较固定的耐药谱,AMP-NA-TE、AMP-CFP-NA、AMP-CFP-NA-TE;14株德尔卑沙门氏菌产生13种耐药谱,对四环素、萘啶酸、磺胺甲嗯唑和氯霉素的耐药性较高,有2株对9种以上耐药。对134株沙门氏菌进行11个耐药基因的检测,blaTEM-1-like、blaCTX-M、blaOXA-1-like、sull、aacC4、aac6-lb、floR、tet(G)检出率分别 73.1%、37.3%、29.1%、34.3%、32.8%、32.1%、36.6%、24.6%;blaCMY-2、blaPSE及blaSHV均未检出。对9种以上的药物超级耐药的印第安纳沙门氏菌,对β-内酰胺酶基因blaOXA-1-like、blaCTX-M、blaTEM-1-like 及 floR、aadA2、sull 及 aac(6’)-1b有较高携带率,这是其成为超级耐药克隆的主要原因:肠炎沙门氏菌主要表现为对氨苄青霉素、萘啶酸、四环素、头孢哌酮中等程度耐药,且多数为多重耐药,其blaTEM-1-like携带率最高。因此,控制并严格规范相关药物在动物饲养过程中的应用,对阻止动物临床及人类临床多重耐药细菌的产生有着重大的意义。