EGFR相关ceRNA网络的构建及肺腺癌发病机制的初步研究

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肺癌是直接或间接导致全球癌症死亡的主要原因之一。由于吸烟、污染大气和工作中粉尘暴露,肺癌的发生率一直在上升。而且由于早期没有典型的临床表现且缺乏早期诊断方法,大多数肺癌都是在晚期被检查出的,这限制了可用的治疗选择,导致了肺癌的总体生存率低。因此只有提高肺癌的早期诊断率,尽早规范治疗才能显著改善患者的存活率。从癌前病变到组织病理学病变伴随着基因的改变,进而使得蛋白质结构和功能发生改变。仅在癌细胞中发生的基因和蛋白质的变化可以作为癌症的分子标志物被检测出来。肺腺癌(LUAD)是肺癌中的一种重要分型。越来越多的证据表明,竞争性内源性RNA(ce RNA)调控网络可以在包含LUAD的多种癌症的发生和发展中扮演着非常重要的调控作用。在本文的研究中,我们旨在阐明EGFR相关的ce RNA调控网络并确定LUAD发生和发展相关的潜在预后标志物。本文首先从癌症基因组图谱(TCGA)中提取了三个RNA(lnc RNA、mi RNA和m RNA)数据。根据EGFR的表达量将患者样本分为EGFRhigh组和EGFRlow组,并且通过比较两组之间的表达谱来鉴定LUAD中表达具有差异性的RNA。接下来,通过Mi Rcode、Target Scan、和mi RDB数据库比较lnc RNA-mi RNA,mi RNA-m RNA之间的相互调控关系,构建EGFR表达相关的ce RNA调控网络。最后,通过对LUAD的预后进行生物信息学分析,获得了LINC00460-hsa-mir-338-MCM4过表达的预后模型。重要的是,ce RNA中所有基因的表达与LUAD患者的临床特征密切相关。此外,基于ce RNA网络中三个基因的不同表达模式建立了新的分析模型,表明LINC00460(下调)-hsa-mir-338(上调)-MCM4(下调)模式显着提高了LUAD患者的总体生存率。其他表达模式结果证实,LINC00460和MCM4表达的下调或hsa-mir-338表达的上调显着改善了LUAD患者的预后。多因素分析模型结果与单基因分析结果是一致的,此分析进一步证明了方法的可行性和准确性。以上结果均为基于TCGA数据库中的RNA测序数据分析得出。为在细胞和组织中对调控轴的表达进行验证,我们利用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测了肺正常上皮细胞和LUAD细胞系中LINC00460、hsa-mir-338和MCM4在RNA水平的表达,用免疫组织化学(IHC)方法检测了LUAD病人肿瘤和癌旁组织样本中MCM4在蛋白质水平的表达。RT-q PCR结果显示LINC00460和MCM4在LUAD细胞系中显著上调,而hsa-mir-338在LUAD中显著下调。同时IHC结果显示MCM4在病人的LUAD组织样本中的蛋白质水平也显著上调。实验分别在RNA和蛋白质水平中检验了生物信息学的分析结果。为探究LINC00460/MCM4调控轴促进LUAD发展的分子机制,我们分析了MCM4的异常上调机制和活性调控,发现磷酸化过程可能参与MCM4的活性调控。此外,免疫浸润分析提示MCM4可能通过调节LUAD免疫微环境影响肿瘤的发展和预后。此外通过对MCM4的功能富集分析,了解MCM4相关基因主要富集于细胞周期、细胞分裂、核质、核、蛋白结合。最后通过药物数据库平台查询了MCM4可能存在的靶向药物,希望通过筛选EGFR的下游基因,以解决三代药耐药和EGFR靶点耐药的问题。总之,本研究构建了一个基于ceRNA的LINC00460/MCM4轴可能是一个与LUAD诊断和预后相关的新的重要预后因子。
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