2018年8月31日,第十三届全国人民代表大会常务委员会第五次会议个人所得税法修正案获表决通过。2019年1月1日起,综合与分类相结合的个人所得税制正式实施。个人所得税是涉及纳税人数量最多的一个税种,此次改革不仅实行综合所得按年计税,还新增了六项附加扣除,将其纳入综合所得的扣除范围,与过去相比,业务规则新,办理流程新、系统功能新,这对纳税人、扣缴义务人以及税务机关来说都是很大的挑战。目前我国个人所得税在征管层面上还有很多问题存在,有效地解决征管过程中存在的问题才能使政策制度落在实处,更好的发挥效应。本文以此次个人所得税改革为写作背景,从基层治理角度出发,采用文献研究法、实地访谈法等方法,阐明了个税改革后,征管层面面临的困境和挑战。通过对内蒙古Y市的征管现状进行分析,发现该地区存在纳税人纳税意识薄弱、全员明细申报落实不到位、扣缴义务人预扣预缴环节执行不到位、违法成本低、相关部门信息不同步、部分税务人员不作为等问题,并利用税收遵从理论、税收风险理论、信息不对称理论等理论分析了内蒙古Y市在实际个税征管活动中存在的不足和问题以及产生这些问题的原因。最后从加强当前个税征管现实出发,在税收征管法律制度、配套系统支撑、税收违法惩处,跨部门信息共享、强化自身业务水平征管效率、培养公民纳税意识等方面提出了相应对策。以期为解决内蒙古Y市个税征管过程中存在的问题、保证税款入库、提高征管效率,提供一定的借鉴意义。