高通量测序技术（High-Throughput Sequencing,HTS）已广泛应用于抗病基因研究、抗逆基因筛选以及作物新病毒种类鉴定等方面。基于第二代测序技术,结合RT-PCR、Rapid amplification of c DNA end（RACE）、测序分析等分子生物学实验与分析方法,通过对对百香果、鸢尾、二月兰、苦荬菜和细茎斑种草等5种植物上病毒进行了鉴定分析,检测到12种病毒。采用HTS和RT-PCR验证相结合的方法对云南省文山市采集的呈现叶片黄化,卷曲,皱缩症状的百香果样品进行了病毒鉴定。检测结果表明百香果样品中有四种病毒,其中有三种属于马铃薯Y病毒属（Potyvirus）:即东亚西番莲病毒（East asian passiflora virus,EAPV）,西番莲重型斑驳相关病毒（Passionflower severe mottle-associated virus,PFSMa V）,夜来香花叶病毒（Telosma mosaic virus,Tel MV）;另一种病毒为弹状病毒科（Rhabdoviridae）细胞质弹状病毒属（Cytorhabdovirus）的百香果相关弹状病毒（Passionfruit-associated rhabdovirus,Pa RV）。将三种potyviruses的CP蛋白进行了比对,发现它们具有较多相似的特性;测定了细胞质弹状属病毒Pa RV的基因组全序列。从云南省丘北县采集了66个来自不同种植区的百香果样品,利用RT-PCR检测进行了病毒检测,结果表明66个百香果样品全部带毒,其中,有26个样品受到EAPV单独侵染,14个样品受到Tel MV单独侵染,1个样品受到Pa RV单独侵染;17个样品受到EAPV和Tel MV复合侵染,5个样品受到EAPV和Pa RV复合侵染,1个样品受到Tel MV和Pa RV复合侵染;2个样品受到三种病毒的侵染。从北京市观赏植物鸢尾和二月兰和药用植物苦荬菜、独行菜和细茎斑种中采集到带有花叶、皱缩等病毒症状的叶片样本,利用HTS和RT-PCR进行了病毒检测,从鸢尾中检测到鸢尾重花叶病毒（Iris severe mosaic virus,ISMV）,二月兰中鉴定到油菜花叶病毒（Youcai mosaic virus,Yo MV）、芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,Tu MV）和一种未知的弹状病毒,苦荬菜中鉴定到苦荬菜黄斑驳病毒（Ixeridium yellow mottle virus,IYMV）,一种双分体病毒科（Partitiviridae）病毒和一种未知的弹状病毒,细茎斑种草中鉴定到莲花潜隐病毒（Lotus latent virus,LLV）,独行菜中未检测出病毒。获得苦荬菜中新弹状病毒的全基因组序列,暂命名为苦荬菜相关弹状病毒（Ixeris denticulata-associated rhabdovirus,Ida RV）。