我国的教育体制改革取得了很大进展，但是还存在一些问题，在具体的高等教育财政体制方面表现为不公平和效率低，这些都严重制约着我国教育体制改革的步伐。这种状况一方面是由于制度在改革过程中不完善造成的；另一方面也与教育财政的指导方针和思想观念有关。很显然，由于教育资源的相对短缺以及高等教育迅速发展的需要，作为公共资源提供者的政府更关心资源使用效率的问题，希望有限的资源能够在高等教育发展中发挥更大的作用，但却忽视了公平在教育发展过程中的重要作用。高等教育财政的公平与效率是既相互对立、又相互依存的有机统一体。一方面，公平可能会因分配没有差别使各高校缺乏应有的办学积极性，如教育经费使用效率低，高校之间缺乏竞争机制；讲效率则以贡献来决定分配必然使各高校经费投入差距越拉越大，导致教育资源分布不均，地区之间差异引发教育机会的不均等。另一方面，二者又相伴而生，相互依存，这就使公平与效率成了一种既相互对立、又相互依存的有机统一关系。应当更加重视其统一方面，力求缓和矛盾，加强统一。笔者在对公平与效率的内涵和关系的理解基础上，对高等教育财政的公平与效率进行分析，文中从高等教育财政拨款方式、高校收费标准、高等教育资源三个主要方面探讨高等教育财政的公平问题，对于高等教育财政的效率则是从高等教育经费结构、高校教育资源使用效率、高校财政管理方面来分析其效率问题。通过分析发现，高等教育财政有失公平与效率不高的问题同时存在，这些问题出现的原因主要有四方面，受计划经济体制的影响、高等教育管理体制不健全、现行教育财政制度的缺陷、高校缺乏合理的竞争机制。从我国的实际情况来看，可以通过一系列措施的实施和政策的完善促进高等教育财政的公平与效率。在当今新的时代背景下，在现有研究的基础上，对高等教育财政进行理论与现实相结合的深层次研究，加强对我国高等教育财政的公平与效率、理论与实践研究，是我国当前高等教育财政体制改革面临的重要课题。通过对高等教育财政公平与效率所做的理论阐释，明确各职能部门的责任、权利与义务，并在揭示我国高等教育财政中存在的种种体制欠缺与不足的基础上，从制度的角度剖析其深层根源，提出有针对性的解决对策，这对于我国高等教育财政的健全与完善，从而对我国整个高等教育体制改革的顺利推进，以及大众化目标的进一步实现和各高校以强大的实力应对国际竞争有着重大的理论与现实意义。