急性早幼粒细胞白血病新维甲酸家族成员融合基因的克隆及致白血病机制研究

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lgj2097
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[目的]1.回顾性分析苏州大学附属第一医院2003年至2019年1742例急性早幼粒细胞白血病(APL)患者的临床特点,通过荧光原位杂交(FISH)、逆转录PCR或定量PCR、全转录组测序及全基因组测序分析其实验室特征,总结PML-RARA阴性APL的发生率,并对其进一步分类,X-RAR阳性变异型APL和X-RAR阴性变异型APL,分别对两类变异型APL的临床和实验室特征进行对比分析。2.通过MICM、RNA-seq和全基因组测序,从21例变异型APL鉴定出7种新融合基因,STAT3-RARA,CPSF6-RARG,TNRC18-RARA,TBL1XR1-RARA,NUP98-RARG,STAT5b-RARA和PLZF-RARA。3.克隆构建变异型融合基因,通过体外实验了解X-RAR融合蛋白的亚细胞定位,二聚化能力,对不同来源细胞增殖分化的影响,以及相比于RARA基因转录活性的变化,为探索X-RAR变异型融合基因的致病机制及靶向治疗奠定基础。[方法]1.回顾性分析2003年至2019年苏州大学附属第一医院所拟诊的APL患者,收集整理临床信息及疗效随访资料,综合应用荧光原位杂交(FISH)、逆转录PCR或定量PCR、全转录组测序及全基因组测序分析等技术方法,鉴定出42例变异型APL。与典型APL对比,阐述X-RAR阳性变异型APL和X-RAR阴性变异型APL患者的临床和实验室特征及预后。2.对216例拟诊APL患者进行新一代靶向二代测序,分析单个基因框移突变和点突变等异常,对33例拟诊APL患者进行全转录组测序,分析变异型APL特异性基因的表达和通路异常,结合分子生物学和转录组学技术明确两种变异型APL(X-RAR阳性APL和X-RAR阴性APL)的特征。3.克隆构建变异型X-RAR融合基因,明确其蛋白的亚细胞定位,二聚化能力以及对ATRA的反应,阐述X-RAR融合基因可能的致病机制。[结果]1.回顾性分析2003年至2019年于苏州大学附属第一医院就诊并拟诊的1742例APL,PML-RARA 阳性的典型 APL 1700 例(97.6%),PML-RARA 阴性的变异型APL 42例(2.4%),变异型APL包括X-RAR阳性变异型APL 21例(1.2%),X-RAR阴性的变异型APL 21例(1.2%)。两组变异型APL与典型APL相比,骨髓原始细胞(Blast)比例均无明显差异,X-RAR阳性变异型APL患者的男性比例显著偏高,X-RAR阴性的变异型APL性别比例与典型APL相当;与典型APL相比,两种变异型APL的白细胞计数明显偏高,高危组和中危组患者比例明显增多,缓解率低,复发率高,预后差。2.变异型APL和典型APL的基因表达明显不同。从主成分分析结果看,典型APL和X-RAR阳性的变异型APL 比较聚集,但是X-RAR阴性的变异型APL不统一,16例患者中有9例患者聚集在一起,4例患者与典型和X-RAR阳性的变异型APL相似,另外3例与典型和X-RAR阳性的APL都相差很大。从信号通路方面分析,与典型APL相比,两种变异型APL的血液疾病相关的信号通路都明显上调,如Rap1、PI3K-Akt、调节干细胞的多能性等都显著上调。从基因突变方面分析,相对于典型APL,两种变异型APL的突变谱明显不同,X-RAR阳性变异型APL的表观遗传学突变比例明显增高(P=0.001),信号通路相关的突变比例相对下降(P=0.043),但是其中的KRAS突变比例明显提高(P=0.023);X-RAR阴性变异型APL的表观遗传学(P=0.000)和转录因子(P=0.001)突变比例显著升高,值得关注的是有47.4%的X-RAR阴性变异型APL患者伴有NPM1突变,其中70%的患者合并IDH1/2突变。3.克隆构建X-RAR变异型融合基因的真核表达载体和病毒载体,进行体外功能实验。变异型融合基因主要位于细胞核内;都能形成同源二聚体,也有能与RXRA形成异源二聚体的能力,也能够募集转录抑制因子,进而能招募HDAC3,产生具有转录抑制作用;ATRA的加入能够适当提高其转录活性,但仍然比RARA组提高程度低;X-RAR融合基因能够促进U937细胞和原代CD34细胞的生长,以及小鼠CD117细胞的克隆形成;ATRA能够诱导X-RAR融合基因阳性的U937细胞分化,但是分化程度远比PML-RARA 阳性的NB4细胞低。[结论]1.两种变异型APL与典型APL相比临床表现相似,实验室特征迥异,且缓解率低,复发率高,预后明显比典型APL恶劣。2.两种变异型APL和典型APL相比,表达谱和突变谱都有不同的特征;典型APL以信号通路突变为主,X-RAR 阳性变异型APL以表观遗传学突变为主,X-RAR阴性变异型APL以表观遗传遗传学和转录因子突变为主;X-RAR阴性变异型APL中NPM1突变和IDH1/2突变最常见,且相互共存,突变阳性患者以同源盒家族基因高表达为特征。3.变异型融合基因主要定位于细胞核内,具有形成同源和异源二聚体的能力,对细胞系、人脐带血细胞和小鼠原代细胞有促进增殖作用;能够募集转录共抑制因子进而招募HDAC3,产生转录抑制作用,对ATRA有一定的反应,但相对于作用于典型PML-RARA的效果要差。4.PI3K-Akt,NF-kB和TNF信号通路在X-RAR融合基因的致病机制中可能发挥重要作用。
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