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分子流行病学研究已经表明胆固醇酯转运蛋白（cholesteryl ester transfer protein, CETP）基因是冠心病（coronary heart disease, CHD）的易感基因之一。CETP能介导血浆中胆固醇酯和甘油三酯在高密度脂蛋白（HDL）和含载脂蛋白B的脂蛋白，即低密度脂蛋白（LDL）和极低密度脂蛋白（VLDL）之间的交换。通过这种交换CETP能调节血浆HDL的浓度、组成和颗粒的大小，在胆固醇的逆向转运即在胆固醇从外周组织流出运输至肝脏的过程中起着关键的作用，因而是血浆HDL和LDL水平的主要决定因素之一，并在CHD的发病中起了重要的作用。迄今为止已经在CETP基因中发现了多种单核苷酸多态 (single nucleotide polymorphism, SNP) 与CHD的发生和发展相关。本文使用聚合酶链反应（PCR）、限制性片段长度多态性（RFLP）、变性高效液相色谱（DHPLC）、分子克隆和DNA测序等技术，对中国汉族群体（共412人，包括CHD患者203人和正常对照209人）CETP基因的已知SNP进行了关联分析，同时对CETP基因中未知的SNP进行了全基因筛查，结果如下：1. 文献已报道的CETP基因7种常见SNP中有2种即IVS14 +1 G/A和R451Q在本研究的CHD组和对照组中均未检出，表明这2种SNP在中国汉族人群中非常罕见。2. D442G多态的等位基因频率和基因型频率在CHD组和对照组间有显著性差异（P = 0.043；P = 0.035），CHD组442G基因频率显著高于对照组，提示442G基因可能与CHD的发生相关。3. 对CETP基因编码区1- 16外显子、各外显子相邻的部分内含子序列以及启动子区域共5501bp的全基因筛查发现了12个文献中尚未报道的新SNP，其中位于启动子区的2个，5’端非翻译区1个，内含子区9个。<WP=5>碱基置换的形式为4个转换，8个颠换。4. 在新发现的SNP中，启动子区的 - 645 A/C、- 174 G/C、内含子7中的 + 9907 T/A、内含子9中的 +13044 A/T、内含子11中的 + 19323 T/A等5个SNP的基因型频率和基因频率在冠心病患者与对照人群两组间有显著差异（P < 0.05）。5. CHD患者TC / HDL-C > 5亚组中 - 645 A/C和 - 174 G/C多态的杂合子基因型频率显著高于TC / HDL-C < 5亚组，提示 - 645 C和 - 174 C等位基因与较高的TC / HDL-C比值有显著的相关性。6. 在新发现的SNP中有3个与男性CHD患者的血脂水平变异相关联： - 645 A 与较高的HDL-C水平相关，- 174 G与较高的HDL-C和TC水平相关，而 +19323 T则与较低的LDL-C水平相关。7. CHD组和对照组间基因频率有显著差异的5个新SNP之间两两配对的连锁不平衡分析表明，启动子区的 - 645 A/C和 - 174 G/C两个SNP之间存在连锁不平衡 （D’ = 0.344984, P = 0.0000）。8. 采用EH软件进行的单倍型分析显示，3个多态位点组合所形成的6种频率 > 0.01的单倍型中有5种在CHD组和对照组的分布有显著或非常显著的差异。由5个多态位点所组合成的8种频率 > 0.01的单倍型中有4种在两组间的分布有显著或非常显著的差异（P < 0.05或P < 0.01）。9. 分析表明凡含有 - 645 C等位基因的单倍型，其频率均为CHD组高于或显著高于对照组，而凡含有 - 645 A等位基因的单倍型其频率总是CHD组低于或显著低于对照组，提示 - 645 A/C多态与CHD密切相关。