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枯草芽孢杆菌是一种重要的生物拮抗菌,在植物病害生物防治方面具有突出贡献。枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）Zh-2、Zh-4、Zh-6、Zh-18菌株是黑龙江省科学院微生物研究所基因工程室分离、鉴定并保存的4株重要生防菌。这些菌株形态、生理生化特性相同,而抑菌能力和抑菌谱不同。为了从分子水平区分这些菌株和快速克隆功能性新基因,本文首次采用mRNA差异显示分析技术,从分子水平探讨各个菌株之间的差异,寻找和分离其差异表达基因片段,为各个菌株建立一个分子档案,以区别各个菌株,同时,对特异表达基因的研究也有助于我们挖掘和利用优良基因,为快速克隆功能性新基因提供一种技术方法。本项研究采用TaKara RNAiso Reagent法提取枯草芽孢杆菌总RNA,选择MICROBExpress TM Bacterial mRNA Enrichment Kit（Ambion）试剂盒富集mRNA,根据枯草芽孢杆菌基因组DNA GC含量与大肠杆菌基因组DNA GC含量具有相似性,从文献中选择11条随机引物对4株枯草芽孢杆菌进行mRNA差异显示分析,结果表明用这些随机引物进行PCR扩增,获得了77个差异片段。选择5个差异片段测序后进行了生物信息学分析。来自于Zh-4菌株的S-1序列片段长750bp,经过生物信息学分析,该序列片段与来自枯草芽孢杆菌菌株168的相关基因序列有84%的相似性,编码产物名称是假定蛋白（hypothetical protein）。但该序列片段的功能目前还不清楚。来自于Zh-4菌株的S-2序列片段长462bp,经过生物信息学分析,该序列片段与来自枯草芽孢杆菌菌株168的16SrRNA有99%的相似性。来自于Zh-4菌株的S-3序列片段长度414bp,经过生物信息学分析,该序列片段与来自枯草芽孢杆菌168菌株的序列（检索号:ref|NP387945.1|）有84%的相似性,编码产物名称是磷酸丝氨酸酶（serine phosphatase）,其余的一部分相似序列所代表的功能均与孢子形成II期有关,剩余的相似序列来源于BAC库的测序结果。但该序列片段的功能目前还不清楚。来自于Zh-18菌株的S-4序列片段长418bp,氨基酸序列比对检索与S-3序列片段相同,但2个序列的核苷酸序列不同。S-4序列片段的功能也未知。来自于Zh-18菌株的S-5序列片段长222bp,经过生物信息学分析,该序列片段与来自短小芽孢杆菌菌株SAFR-032 （gb│cp000813.1│）有95%的相似性,相似序列功能是编码核糖核酸酶R。