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本试验提取禽呼肠孤病毒(ARV)内蒙古、天津地区分离株(ARV C-98、ARV T-98)病毒RNA,参考GenBank中禽呼肠孤病毒M1、M2、M3基因序列设计用于扩增M基因的四对引物,分别为M1-1、M1-2、M2、M3。应用RT-PCR技术特异性地扩增ARV C-98、ARV T-98分离株的M1、M2、M3基因。将纯化的目的DNA与PMD19-T载体连接,转化感受态细胞,提取质粒,用PCR法、酶切法鉴定,将鉴定为含有阳性质粒的菌液送宝生物工程(大连)有限公司测定基因序列。测序结果表明:ARV C-98、ARV T-98毒株M1、M2、M3基因序列全长分别为2283bp、2158bp、1996bp,编码由732、676和635个氨基酸组成的μA、μB及μNS蛋白,测定核苷酸序列已登录GenBank。基因组非编码区包含禽呼肠孤病毒和哺乳动物呼肠孤病毒共有的5’GCTTTT、3’TCATC的保守序列。M1基因的5’和3’包含12bp和72bp的非编码区域;M2基因的5’和3’包含29bp和98bp的非编码区域;M3基因的5’和3’包含24bp和64bp的非编码区域。应用计算机软件将测定序列与参考序列的核苷酸的同源性进行比较分析,发现ARV C-98、ARV T-98毒株的M1基因与ARV 2408、ARV 1733、ARV S1133三个毒株的同源性最高,为99.5%～99.7%;与ARV 176毒株的同源性次之,为98.1%～98.2%;与ARV OS161、ARV 138、ARV 1017-1、ARV 918、ARV 916SI毒株的同源性较低,为88.0%～92.2%;与番鸭呼肠孤病毒(DRV)参考毒株核苷酸同源性为69.5%～69.7%;与哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)参考毒株核苷酸同源性最低,约为28%。ARV C-98、ARV T-98毒株的M2基因与ARV 2408、ARV S1133、ARV1701-1、ARV 1733四个毒株的同源性最高,为99.4%~99.6%;与ARV 176毒株的同源性次之,为95.8%;与ARV OS161、ARV 918、ARV 916SI、ARV 601G毒株的同源性较低,为71.3%～73.3%;与DRV参考毒株核苷酸同源性为63.6%～63.7%;与MRV参考毒株的同源性最低,为40.3%。ARV C-98、ARV T-98毒株的M3基因与ARV 2408、ARV 1733、ARV S1133、ARV 176四个毒株的同源性最高,为98.3%～99.8%;与ARV 138、ARV OS161毒株M3基因核苷酸的同源性次之,为89.0%～92.3%;与ARV 918、ARV 1017-1、ARV 916SI毒株的同源性较低,为78.3%～89.3%;与DRV参考毒株核苷酸同源性为67.7%～68.3%;与MRV参考毒株的同源性最低,为21.5%～23.2%。