我国早期对生态环境损害的认识源于私益威胁,随着“生态中心主义”伦理观兴起,环境公益的独立保护成为日益重要的研究课题,学者纷纷提出扩张适用环境侵权、强化行政处罚功能、建立社会化救济和生态补偿模式等观点,由于上述制度固有的功能缺陷,“企业污染、群众受害、政府买单”困境迟迟不能破除,在这一背景下《生态环境损害赔偿制度改革方案》发布。方案统筹自然科学和社会科学理论,初步明确了基本概念、索赔范围、权利人、义务人及流程等内容,但损害赔偿的具体规则仍有诸多不清晰之处,如归责原则、损害认定等责任构成要件,赔偿标准、修复方式等责任承担方式,这些不清晰导致了该制度功能定位的模糊,以致难以衔接公益诉讼制度,也暴露了当前行政权和司法权在环境公共事务中的错位问题。本文结构分为五章,第一章介绍生态环境损害和生态环境损害赔偿制度,人类对生态环境损害的认识是从作为媒介变为具有独立价值,生态环境损害赔偿制度在我国尚无明确的法律规范,仅靠政策文件构建了制度雏形。第二章论述生态环境损害赔偿制度的理论基础,生态中心主义伦理观要求人与自然应建立和谐统一的关系,环境权理论提出具有使用、知情、参与、请求多种权能的环境权,让公民、社会组织等多主体保护环境公益具有了权利依据,法益理论从人生存发展的客观方面定义其法律利益,确立了“去个人化”的利益保护。第三章论述本制度的功能定位和适用规则,由于当前存在救济方式不足、重处罚轻赔偿和损害赔偿规则不完善等问题,本制度应着力于填补损害和损害者负担,以生态损害行为、无过错归责、因果关系为构成要件,厘清损害认定的“质”、“量”关系,辨析违法行为与生态损害行为,责任承担方式应以“恢复原状”为中心,义务人按照修复、替代性修复和支付恢复原状费用顺序履行。第四章研究本制度与司法程序的衔接,先研究磋商行为和赔偿协议的法律属性,综合主体论和方法论,认为属于协商式行政行为和行政契约;然后分析行政权应主导损害赔偿过程、司法权应监督行政权的行使,所以应建立行政权主导的生态环境损害赔偿制度,明确先磋商后诉讼,并改民事诉讼为行政复议和行政诉讼。基于第二、第三和第四章的分析,第五章综合提出三方面建议,理论基础应包括环境权和法益,在环境权的基础地位尚未确立时,应将法益明确纳入生态环境损害的独立立法;制度内应完善损害赔偿规则、明确恢复原状责任,并确定磋商和赔偿协议法律性质,建立磋商前置程序;通过磋商行为衔接司法程序,发挥公益诉讼的监督补充作用,建立行政机关第一顺位、检察机关监督、社会组织补充的索赔方式。