根据《关于贯彻实施政府会计准则制度的通知》（财会〔2018〕 21号）要求,自2019年1月1日起,政府会计准则制度在全国各级各类行政事业单位全面施行,执行政府会计准则制度的单位不再执行原制度。此次改革的重点是废除各级各类行政事业单位原有的会计核算制度,统一执行由财政部于2017年10月24日印发的《政府会计制度-行政事业单位会计科目和报表》（财会〔2017〕 25号）。新制度最大的特点是改变原有以收付实现制为基础的财务制度为以权责发生制及收付实现制并行的财务制度。权责发生制对应财务会计,收付实现制对应预算会计,以双基础、双轨道的方式全面反映政府会计信息,简称“平行记账”。受此次制度改革影响的主要有高校、医院及其他各类行政事业单位。此次改革可能导致的各种共性问题包括:新旧科目衔接问题、财务软件升级及使用问题、固定资产折旧问题、核算重难点问题、报表问题等。而笔者所在科研单位则遇到了一些特有问题,如研发支出、科研项目管理问题等。显然,每一个问题对日常需要处理持续产生的账务的财务人员来讲都是不小的压力。在此背景下,笔者结合新制度及相关文献,总结了政府会计制度的历史进程,梳理相关的理论基础,对比新旧制度的异同点,并在此基础上,通过案例分析法及对比法探讨Q研究院会计制度改革过程中遇到的衔接问题、核算问题、科研项目财务与预算管理问题及报表问题等主要问题的成因及应对措施,以期对新制度的执行与完善有所裨益,并为其他财务人员提供些许参考及借鉴。本文主要创新处如下:其一,现有的相关文献中,大部分分析的是高校及公立医院财务制度改革中所遇到的问题,而笔者所在单位为科研事业单位,相较于以上两类行政事业单位具有特殊性,特别是在科研项目管理上有异于以上两类单位,本文分析了科研事业单位的科研项目管理问题及应对措施,属于此次政府会计制度改革中较少被人提及的领域。其二,现有的相关文献大多停留在理论的阐述上,鲜有看到运用具体例子进行研究分析的文献。而本文通过案例分析法阐述了改革过程中的主要问题及应对措施,更加直观且易于理解。其三,本文提出政府会计制度在引入权责发生制核算方式的同时并未引入一样以权责发生制为基础的企业会计准则的成本核算,对于公益性的公共行政事业单位来说并无影响,但对于执行政府会计制度但为企业化管理的部分事业单位来说会产生一定的影响,这为政府会计在部分特殊机构的制度完善方面提供了新的研究角度及研究方向。