跨膜蛋白拓扑预测研究

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目前已知的膜蛋白分属于两种结构类型:α螺旋束和β折叠桶.由于具有明显的结构特性,α螺旋跨膜蛋白的识别和拓扑预测相对容易,预测也较准确.而β桶跨膜蛋白的识别和拓扑预测要困难得多,特别是β桶跨膜蛋白的可靠识别一直是个未解决的难题,这主要是由于已知结构的β桶跨膜蛋白数目较少,且跨膜区具有复杂的两亲性造成的.该论文综述了两类蛋白拓扑预测方法的研究现状、分析了现有方法的优缺点.在α螺旋跨膜蛋白的拓扑预测上,改进了已有的方法以提高预测准确度.此外,通过数据挖掘技术,对多次跨膜蛋白的跨膜机制进行了探讨.利用已知的β桶跨膜蛋白的结构共性,提出了一种新的基于隐马尔可夫模型的拓扑预测方法,并利用建立的模型,发展了一种可靠的β桶跨膜蛋白的识别算法.
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