学者写作均有其思想观念,史观则主导历史学家的史学写作。陈恭禄将客观主义史学作为历史研究的基础,以追求历史真相为目的,其思想导源于传统的优良史学观念及近代实证主义思想,将中正态度应用于史学撰述,所著《日本全史》和《印度通史大纲》正是平心静气之下客观著史的代表。其整体史观将社会视为有机整体的全局视野,于环境、传统、领袖、社会势力多元因素多维度考察历史状况;近代历史中外关系表现为朝贡体系的崩溃、商业利益的博弈及政治势力之扰攘;中西文化碰撞之下,官方文人及政府中的开明官员援引西法挽救中国危局,学术文化导引“西学中源”以至“中体西用”的儒学重塑。现代化为陈恭禄对于中国历史之思考,受西方进化论思想的影响,将政治改革思想看成政府强弱和国家发展的关键,用现代人口观解释历史动乱根源和提出解决社会人口问题的政策;商榷传统历史观念,赞同传统“历史进化”思想,批判复古思维及保守心理,其名著《中国近代史》所阐释的“现代化叙事”方式正是对中国过渡到现代化的独特视角。建国后知识分子改造运动中,陈恭禄反应迟钝,惨遭同行批判,幡然醒悟,捐弃故技学习马克思主义唯物史观,认识史学、材料和史家均有阶级性,其《近代史料学概述》一书所言处处均可见陈氏阶级分析法的应用;其又关注经济对于社会历史的重要性和重新看待群众运动,陈著《太平天国历史论丛》正是对于群众运动的深刻反转而做出高度评价的著作。总体而言,陈恭禄追求纯学术的态度,以求知为旨趣,学识渊博,著述等身,学术影响较大,学界对其研究较薄弱,有加强研究的必要。