猪miRNA的靶基因结合序列中SNP的筛选和验证

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ahaqwjtyl
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
母猪产仔数是猪繁殖性状的一个重要指标,而猪胚胎附植成功与否是影响猪产仔数的一个非常关键的因素,所以研究影响猪胚胎附植的基因是十分有必要的。miRNA可以与靶基因3’UTR中的互补序列结合,从而在转录后水平影响基因的表达;而miRNA靶基因互补序列中的SNP又可以影响miRNA和靶基因的结合效率,最终影响基因的表达。本研究利用全基因组重测序数据和miRNA序列预测位于猪miRNA靶基因互补序列中的SNP,通过双荧光素酶报告实验验证发现WNT5A基因3’UTR的一个SNP显著影响miR-628-5p和WNT5A基因的结合效率,而有报道表明WNT5A基因可以影响小鼠的胚胎附植,随后我们运用免疫组化技术以及qPCR技术等对WNT5A基因进行了研究。得到的具体结果如下:(1)运用TargetScan软件结合猪64个个体全基因组数据以及猪miRNA序列,预测和筛选得到404个位于猪miRNA靶基因互补序列中的SNP位点,而且这些位点在互补序列中1到7位的位置分布比较均匀。(2)在杜长大三元猪个体中运用PCR和测序验证得到多个SNP位点与预测的一致,双荧光素酶报告实验验证得到WNT5A和VAV3基因3’UTR的SNP显著影响miR-628-5p和WNT5A的结合效率,以及miR-122和VAV3的结合效率。(3)用免疫组化技术在大白猪胎盘组织中检测了 WNT5A蛋白的表达。妊娠9天,WNT5A蛋白在大白猪子宫内膜上皮细胞和腺上皮细胞表达;妊娠15和18天,WNT5A蛋白均在大白猪滋养层细胞特异表达,且表达信号很强;妊娠26天,WNT5A蛋白在大白猪滋养层上皮细胞和腺上皮细胞中表达;妊娠50天,WNT5A蛋白在大白猪子宫内膜上皮细胞、滋养层上皮细胞和腺上皮细胞中都表达,但是表达强度都不高;妊娠95天,WNT5A蛋白在大白猪滋养层上皮细胞和腺上皮细胞中都表达,且腺上皮细胞表达比滋养层上皮细胞表达高。(4)通过RT-PCR检测WNT5A基因和miR-628-5p的组织表达谱,结果表明WNT5A基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉和绒毛膜组织中均有表达,说明WNT5A是广谱表达。miR-628-5p在上述各个组织中也均有表达,但是表达量很低。(5)用QRT-PCR检测了WNT5A在大白猪妊娠50天绒毛膜AA、AG和GG基因型中的表达量。WNT5A在GG基因型个体中表达量最高,而在AG基因型个体中表达量最低,GG基因型表达量高于AA基因型,但是差异不显著。而AA基因型表达量显著高于AG基因型表达量。(6)利用PCR-RFLP方法对WNT5A基因3’UTR多态性位点进行检测,发现WNT5A基因3’UTR中的miR-628-5p互补序列中的BcgI-RFL多态性位点与大白猪群体初生重性状没有显著关联,但与第一胎总产仔数有显著关联。
其他文献
改革开放以来我国经济飞速发展,由于忽略了对草原生态环境的保护,导致出现草原退化、沙化、盐渍化等草原恶化现象。为了加强对草原生态环境的保护,2002年国务院明确提出推行
目的:探究甜菊苷对心肌纤维化的抑制作用及其可能的机制。方法:体外实验选用小鼠心肌成纤维细胞株M6300细胞,分为正常对照组、转化生长因子-β1(TGF-β1)刺激组、甜菊苷100、200和400μM三个浓度组。预先给予10μM TGF-β1刺激细胞2 h,然后用不同浓度的甜菊苷作用细胞24 h,提取细胞内总RNA和蛋白后,分别采用real-time PCR方法和Western blot方法检测α-
随着国家城市化的不断推进,我国的交拥堵问题不断升温,新型有轨电车作为一种先进的交通运输方式,以其方便、快捷、运量大、安全性能高、能耗低等优点能够满足城市发展的需求。嵌入式轨道结构为有新型有轨电车的一种轨道结构形式,具有连续支撑,减少轮轨异常磨耗、减振降噪、施工周期短等优点,基于嵌入式轨道巨大的应用市场和良好的减振降噪性能,本文主要对嵌入式轨道纵向变形和振动特性进行分析。主要研究内容如下:设计制作了
电动汽车作为新能源汽车的重要组成,各国都采取了有效措施支持其发展。为了完成我国“十三五”规划的低碳化、智能化和信息化目标,油改电对汽车产业的创新和重整至关重要,发展电动汽车是我国走向汽车强国的重要途径。车载功率变换器管理着电动汽车内部的能量流动,控制动力电池的充放电,影响使用寿命。隔离型DC/DC变换器是车载功率变换器的重要单元,对其高功率密度、高效率、宽输出范围的目标要求日益增长。本文首先分析了
学位
烘丝机作为烟丝生产的重要机械,其工艺参数的选择与优化直接影响了产品的质量与生产效率。由于烘丝机工艺参数欠样本空间并未包含全部特征样本点,导致了欠样本空间数据预测精度较低,影响工艺参数的研究,然而目前并未提出有效的方法对烘丝机工艺参数欠样本空间进行处理。为提高欠样本空间样本数据预测精度,本文以烘丝机工艺参数欠样本空间为研究对象,提出了一种基于生成式对抗网络的烘丝机工艺参数欠样本空间处理方法,并构建了
随着电动汽车、消费类电子产品等领域的快速发展,传统的锂离子电池已无法满足人们的需求。目前商业大规模使用的石墨类C负极材料仅有372mAh/g的理论比容量,因此,理论比容量高达3580mAh/g(不计高温相)的Si负极材料成为研究的热点。传统的Si负极材料大都以冶金Si为原料制得,其制备工艺复杂、能耗高、对环境有污染。针对这一问题,本文首先以低成本的野生木贼科植物马尾草为原料,提取出纳米介孔生物质S
番鸭呼肠孤病毒感染是番鸭呼肠孤病毒(MDRV)引起的一种免疫抑制性传染病,给番鸭养殖业造成严重的经济损失。猴头菇多糖(HEP)是从猴头菇中提取的最重要的活性多糖,可以缓解MDRV对
尽管很多企业管理者和学界学者做过很多有关客户投诉和质量管理研究,但笔者要做些不同的尝试,即以客户投诉为起点对质量管理进行研究。智能电子锁作为智能电子产品的一种,被
我国城镇化的高速发展对城市的承载能力提出了新的要求,而大部分城市基础设施尤其是地下基础设施建设相对城市发展滞后,“城市马路拉链”以及“城市空中蜘蛛网”等问题依然存在。为了推进新型城镇化战略和城市高质量发展,集约高效利用城市资源,改善市容市貌提高居住水平,统筹规划、建设、管理市政管线,城市地下综合管廊应运而生。采用新兴的PPP模式,可以缓解综合管廊巨大的资金压力,平滑政府财政支出,提升公共物品和公共
学位
泥石流是一种对人类经济活动威胁巨大,破坏力极强的山地灾害现象。孟僧郎峪位于北京市密云区冯家峪镇朱家峪村,地处迎风坡多雨区,受密云水库对局地气候的影响,汛期暴雨集中;与此同时,沟道内存在大量堆积物,同时具备泥石流发生的水源及物源条件,易发生泥石流灾害。本文以孟僧郎峪泥石流为研究对象,通过现场调查与查阅相关灾害史研究的基础上,深度分析其泥石流发育特征,提出泥石流防治工程典型设计方案。主要结论如下:(1