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比较了苯酚法、改进苯酚法、CTAB法和改进ROSE法对三角帆蚌外套膜、肌肉和肝脏基因组DNA的提取效果。通过对所提取DNA的纯度、浓度、酶切和SSR-PCR效果的综合分析,改进苯酚法对三角帆蚌闭壳肌的提取效果最好,提取的DNA纯度最高。探讨了近缘物种微卫星分子标记对三角帆蚌的通用性。分别用13个欧洲淡水珍珠蚌(Margaritifera margaritifera L.)、1个太平洋牡蛎(Crassostrea gifas.)、9个lion-paw扇贝(Nodipecten subnodosus)、2个weathervane扇贝(Pactinopecten caurinus)和1个noble扇贝(Chlamys nobilis)的微卫星标记对三角帆蚌洞庭湖养殖群体41个个体进行种间扩增。经过PCR条件优化,有3对引物能重复、稳定扩增出目的片段,分别为欧洲淡水珍珠蚌(Margaritiferamargaritifera L.)引物MarMa5280、lion-paw扇贝(Nodipecten subnodosus)引物NswbA274和太平洋牡蛎(Crassostrea gigas.)引物cgi-24。3对引物均未表现多态性。开发了三角帆蚌微卫星标记并对其特征进行了分析。通过磁珠富集法构建三角帆蚌的“微卫星文库”,阳性克隆率为83.33%(1000个)。从以上文库中随机选取96个阳性克隆,送出测序,得到77个(80.21%)含有微卫星序列的克隆。77个克隆中含有各种微卫星94个,其中以CA/GT为单位的重复序列占了绝大多数(81个,86.17%)。重复次数在11-20次之间的43个(45.74%),20次以上的微卫星32个(34.04%),最高重复数为52次。其中,完全型微卫星52个(55.32%),非完全型微卫星39个(41.49%),复合型微卫星3个(3.19%)。除探针中使用的CA重复单元外,还观察到AT、GAA、CT和TATG等重复序列。研究了三角帆蚌微卫星的遗传多样性。依据这些微卫星重复序列的侧翼序列,使用引物设计软件Oligo6.0设计引物30对,以洞庭湖三角帆蚌DNA为模板,进行PCR扩增、筛选,均能较好的扩增出特异条带,进而利用三角帆蚌洞庭湖养殖群体41个个体对这些引物进行多态性检验,发现其中11对引物扩增出多态性产物,各位点的等位基因数为3-14,大小为178-320bp。在11个微卫星位点上,共检测出73个等位基因,平均每个位点等位基因数为6.64。观察杂合度变化范围是0.098-0.976,期望杂合度变化范围为0.336-0.917。多态信息含量(PIC)平均值为0.687,除了位点ZJUpy006 (0.443)和ZJUpy007 (0.306)的PIC低于0.5,为中度多态性位点以外,其余位点均为高度多态性位点(PIC>0.5)。目前国内外还未见三角帆蚌微卫星分子标记开发及应用的报道,本研究开发的微卫星标记在群体遗传变异分析、保护生物学及种质鉴定等方面有广泛的应用空伺。