生物信息学分析RAD21在食管鳞癌中的表达及临床意义

来源 :川北医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:honghui2009
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研究背景:中国是食管鳞癌高发地区之一。长期以来因缺乏针对食管鳞癌早期检测手段及靶向药物,使得我国食管鳞癌的发病率及死亡率仍居高不下。因此研究食管鳞癌分子机制及靶向基因显得尤为重要。近年来生物信息学技术取得突飞猛进的发展,为食管鳞癌的研究提供了新的思路。研究目的:本研究检测RAD21在食管鳞癌组织中的表达情况,并分析RAD21与食管鳞癌病理特征及预后的相关性,初步探讨RAD21在食管鳞癌发生、发展中的临床意义。研究方法:1.分析GSE20347芯片的差异基因并利用Cytoscape软件筛选出核心基因RAD21。2.在Oncomine数据库中荟萃分析RAD21在食管鳞癌中的表达情况。3.收集2018年11月-2019年5月期间川北医学院附属医院心胸外科食管鳞状细胞癌患者的食管鳞癌及癌旁组织样本提取组织RNA和蛋白质,应用RT-qPCR和Western blot实验技术检测RAD21在食管鳞癌中的表达情况。4.利用Cbioportal数据库分析RAD21基因突变情况及相互作用蛋白。5.利用TCGA数据库,筛选出81例食管鳞癌患者临床信息的患者用于比较RAD21 mRNA的表达水平与临床病理特征和食管鳞癌预后的相关性。6.应用基因富集分析软件GSEA 4.0分析TCGA数据库中RAD21在食管鳞癌中的潜在生物学功能。研究结果:1.在mRNA和蛋白水平,RAD21在食管鳞癌组织中的表达较正常食管组织的表达呈上调表现。2.Oncomine数据荟萃分析显示RAD21在多个食管鳞癌多个研究集中的表达为显著上调。3.RAD21的表达和肿瘤大小(p=0.029)有密切关系。4.RAD21在食管鳞癌中的改变占36%,绝大部分为RAD21扩增和mRNA上调,蛋白互助网络图显示其与BRCA1、STAG2、STAG3等基因存在联系。5.TCGA数据库及Kaplan-meier数据库分析均提示高表达的RAD21和良好预后有显著关系。6.多因素回归分析表明RAD21可作为(HR=0.95/p=0.006)食管鳞癌的独立预后指标。7.单基因GSEA分析表明RAD21与细胞周期调控和染色体同源重组基因集密切相关,在酪氨酸代谢和花生四烯酸代谢方面发挥一定作用。结论:通过研究发现,RAD21在食管鳞癌中呈高表达,而且很可能成为独立判断食管鳞癌预后的重要指标。单基因GSEA分析RAD21可能通过调控细胞周期、染色体同源重组及新陈代谢参与食管鳞癌的发生和发展。
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