在新《行政诉讼法》及其适用解释正式颁布和施行以来,立法上对于无效判决的制度设计日渐深入。然而在立法论角度的相关规定得以适用以后,司法实践中的适用问题亦开始逐渐凸显。对于行政诉讼确认无效判决来说,法律的理解与适用成为了司法实践中需要考量的核心问题。在对于法院裁量的相关案例进行梳理后可以发现,行政诉讼确认无效的适用问题主要体现在以下四个方面:一是在对于“重大且明显违法”这一不确定法律概念的价值补充上,各法院之间存在矛盾与混乱;二是对于确认无效之诉起诉期限的适用,法院之间并没有形成统一的适用标准并且存在对同一情形产生互相矛盾裁判结果的情况;三是确认无效之诉与可撤销之诉之间转化关系的界定不明确;最后是对于确认无效之诉如何进行救济的问题上,单一适用国家赔偿这一事后救济措施,在救济的效果上差强人意,需要完善救济形式予以补充。以上四点都是法院在具体司法实践中的适用问题,需要从法律适用、不确定概念的价值补充、法律漏洞的填补以及利益衡量等角度进行探讨。然而,在对于行政诉讼确认无效判决适用问题的具体完善措施方面,首先,涉及无效行政行为审查标准列举情形的增加以及司法层面价值补充的三层次适用。其次,在起诉期限的适用标准上应遵循“适当期间”的具体裁量。再者,在判决类型的转换上重点关注的应当是法院裁判的职权主义向当事人主义的倾斜。最后,在救济措施的完善上,参照适用“抵制必须答复”与“争讼停止执行”的设计思路,同时增加“重做判项”予以救济。