自1994年分税制改革以来,项目制作为一种自上而下以专项化形式配置资源的治理模式在基层治理领域得到广泛应用,尤其是在脱贫攻坚和乡村振兴的大背景下,项目制成为国家贯彻政策意图和推动乡村脱贫,实现乡村振兴的重要制度。美丽乡村建设项目作为乡村振兴战略下的一项重要的民生工程,其以项目发包的制度形式下沉到具体村庄,也就是通过政府间的权威关系自上而下的向基层配置项目资源。项目制成为了提升基层治理水平的重要依托。但实践中美丽乡村建设项目制却面临着运行不佳的难题,导致项目效果差强人意。对美丽乡村建设项目制运行中的问题及原因进行剖析,促进理论与实践的进一步结合,对于提升今后美丽乡村建设项目的建设质量和基层政府治理水平有重要意义。本文运用文献研究法和个案分析法,选取J县L村美丽乡村建设项目,借助访谈梳理该地美丽乡村建设项目制运行过程。并架构起了控制权分配与项目制运行之间的紧密关系,从控制权分配的层面分析美丽乡村建设项目制在基层运行中的问题,将政府层级限缩在基层政府,把县级政府作为“委托方”,乡级政府作为“代理方”,按照目标设定权、激励分配权、监督管理权、检查验收权的划分对J县L村美丽乡村建设项目运行中的控制权分配情况进行把握,在此基础上,论文进一步挖掘美丽乡村建设项目制运行中控制权分配存在的问题,包括县级政府目标设定权高度集中;县乡政府激励分配权对项目运行缺乏牵引力;县乡两级政府监督管理权缺位;县乡两级政府检查验收权分配边界不清。本文研究发现,上述控制权分配的不充分与不合理形态并非“事出无因”,其背后有来自于项目制本身的因素,也有与之相随的权力属性的因素,本文将J县L村美丽乡村建设项目制运行中控制权分配问题的产生原因总结项目制的事本主义逻辑与政府中心主义逻辑发生耦合,基层政府坚持唯政绩导向的行动逻辑以及基层政府监督意识淡薄三类。最后,在以上分析的基础上,本文立足于乡村振兴战略背景下,结合实际为J县今后的美丽乡村建设项目制运行提出四点优化的对策建议:一是完善项目制在基层运行的治理规则;二是进一步优化控制权在基层政府间的分配;三是基层政府要提升农村治理能力;四是构建政府与村庄之间的控制权共享机制,将村庄吸纳到控制权分配的组织结构中来。