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如何以最小的代价最大限度地保护生物多样性成为目前保护生物学面临的最紧迫的问题之一。开展大尺度重要物种、生态系统的优先保护研究对提高生物多样性的保护效率非常重要。中国是全球12个“巨大多样性国家”之一,其生物多样性在全世界占有十分独特的地位；同时中国也是生物多样性受到严重威胁的国家之一。本研究通过筛选和评估确定了1951种关键植物、316种关键动物和241个重要生态系统(群系)作为我国生物多样性优先保护的研究对象,在系统保护规划的支撑下,以中国县级行政区为基本的研究单元,通过规划软件C-PLAN的计算分析,确定我国生物多样性优先保护区,进而结合国家级自然保护区进行了初步的GAP分析,最后以秦岭为例,在高精度分布数据的基础上开展了我国生物多样性保护网络体系规划研究。主要结论包括：一、本文鉴别出17个中国生物多样性保护优先区,它们分别是(1)新疆阿尔泰山地区(2)天山山脉(3)帕米尔高原(4)阿尔金山地区(5)祁连山(6)内蒙古西部地区(7)喜马拉雅山脉(8)横断山区(9)秦岭山脉(10)西双版纳地区(11)广西西部山区(12)桂湘黔交接处山地(13)渝鄂交界处大巴山地(14)南岭地区(15)武夷山区(16)海南中南部地区(17)长白山区。这些优先区大多分布在我国偏远的西部地区及地形复杂的高海拔山地地带,东部及南部地区优先区分布较少,且较零碎。二、将鉴定出的优先区和现有的国家级自然保护区网络进行GAP分析,结果表明：大部分的生物多样性优先地区已经包括在当前的国家级自然保护区体系内,共保护了关键植物1712种、关键动物305种、生态系统137个,保护率达88.2%。但是仍有74个规划单元处于国家级保护区的范围之外,空缺地区主要分布在帕米尔高原地区、内蒙古西部地区、天山山脉地区、广西西部山地、阿尔泰山地区等,这些地区将作为下一步保护规划中着重考虑的地区。可考虑新建或扩建国家级自然保护区,优化保护网络体系,以提高当前的保护效率,利于我国生物多样性保护。三、秦岭生物多样性保护网络体系规划的结果包括：(1)秦岭关键动植物的潜在分布空间格局总体上随山体呈东西向递减的条带状分布,东段随着山岭与盆地相间的地形呈扫帚状展开,南坡物种丰富度高于北坡；(2)优先保护地区有四个,它们分别是伏牛-熊耳山地、太白-佛坪山地、户县-长安山区、大巴山北缘勉县；(3)将优先地区与国家级自然保护区叠加后鉴别出保护空缺地,结果表明伏牛-熊耳优先区基本处于保护区范围内,但北部和西南部仍有空缺；太白-佛坪优先区大部分处于保护区内,但南部仍有空缺；户县-长安优先区仅部分处于保护区范围内,北部存在明显空缺；大巴山北缘勉县优先区完全处于空缺状态,尚无国家级自然保护区建立；(4)基于GAP分析的结果,提出了新建2个自然保护区,建立2个自然保护区廊道,扩建3个自然保护区的保护体系规划建议,以更有效地保护秦岭地区的动植物资源。