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冬虫夏草Ophiocordyceps是麦角菌科真菌冬虫夏草菌（Ophiocordyceps sinensis（Berk.）Sacc.）寄生在蝙蝠蛾科昆虫幼虫上的子座和幼虫虫体的干燥复合体,具有补肺益肾、止血化痰的功效。冬虫夏草疗效显著,野生资源稀少和市场需求量大的矛盾,导致市售冬虫夏草假冒伪劣的现象层出不穷。冬虫夏草的准确鉴别是保障临床用药安全的关键。本研究以整个冬虫夏草线粒体基因为研究对象,筛选在线粒体基因上可以鉴别虫草与其他物种的特异性片段,最终从虫草线粒体基因组中筛选出cob和cox1两个特异性基因,为进一步筛选虫草分子鉴定和物种进化方面的理想分子标记提供了理论依据。并且利用线粒体基因cob和cox1序列建立了冬虫夏草的SS-PCR快速鉴定的方法,进一步考察了此方法的准确性。最后考察了滤纸法对冬虫夏草和中药材DNA提取的适应性,为冬虫夏草和中药材的现场快检提供了理论依据。本研究以冬虫夏草线粒体基因cob和cox1序列的部分片段为靶标,设计筛选出4对冬虫夏草特异鉴定引物9f、21f、30f、35f,这4对引物仅能特异扩增冬虫夏草DNA,不能扩增其它混伪品DNA,检测限低至5ng。通过优化PCR扩增体系和条件,建立了鉴定冬虫夏草的SS-PCR的方法。扩增体系为25μL,包括2×Taq maseter mix 12.5μL、模板1μL,上下游引物各1μL（10μM）,ddH2O9.5μL,在94℃预变性1 min后,94℃变性30 s、61℃退火30s,共30个循环。琼脂糖凝胶电泳检测,正品在300-400bp左右有条带,而伪品则无条带。分别使用这4对引物对35份冬虫夏草样品和24份混伪品成功进行了鉴定。分子鉴定的关键在于样品DNA的高质量提取,中成药经过炮制加工,其DNA降解比较严重,一般的提取方法效果不佳。本研究为了考察虫草加工品DNA的最佳提取方法,分别用试剂盒法、CTAB法和碱裂解法3种方法提取其虫草基因组DNA,真菌ITS通用引物进行PCR扩增,结果表明虽然碱裂解法提取浓度最高,但扩增效率不如其他两种方法,CTAB法提取的浓度高于试剂盒,故CTAB法提取效果最好。对本研究建立的快速鉴定冬虫夏草的SS-PCR方法进行了重复性、稳定性、准确性等考察,结果显示此方法稳定性和重复性良好,准确性高。运用此方法鉴定的31份冬虫夏草正品和16份伪品与形态鉴别高度统一,鉴定的总符合率达到100%,并将该方法应用于市售冬虫夏草胶囊、口服液及片剂的鉴定,检测到虫草片剂中有条带,证明此方法也可以应用到虫草加工品的应用中。同时本研究考察了一种可在30 s内简单、快速提取中药材DNA的方法,应用本方法成功的从冬虫夏草及其伪品中提取出了DNA,并可成功开展冬虫夏草的分子鉴定。为了考察对中药材DNA提取的适应性,提取了37个样品的DNA,进行PCR扩增。结果显示,31个样品PCR扩增成功,成功扩增效率达到83.8%,动物药和真菌类药材的提取成功率达到100%,研究结果表明孔径小的滤纸对DNA吸附能力大于孔径大的。滤纸法对于叶片类、花类、全草类、果实类、根茎类及动物和真菌类药材的DNA提取有较好的效果,皮类药材的提取效果不佳。本研究的滤纸法耗时短、不需要离心机等优点将会为冬虫夏草和中药材分子鉴别现场运用发挥重要的作用。