本研究首先选取了36株金针菇菌株进行初步的研究,依次通过ITS、拮抗试验、菌丝的菌落形态观察以及DNA分子标记等几个方面对其进行鉴定分析,从而确立了这种形态学和DNA分子标记相结合来鉴定金针菇标准菌株的鉴别方法,同时还建立了一种快速鉴别金针菇菌株的SCAR标记快速鉴别方法,并获得了包含有27株标准菌株的标准菌株库。为完善标准菌株库的信息,对获得的27株标准菌株从不同温度梯度、不同培养基PH、不同栽培料湿度、不同栽培料酸碱度、菌丝生长速度以及农艺性状指标(产量、菌柄长度、现蕾天数等)等几个方面分别进行了研究并对其进行了综合的种质评价。本研究还应用所得到的标准菌株库和所建立的SCAR标记快速鉴别方法,对福建农林大学菌物研究中心保藏的其他84株不同种名、不同来源的金针菇菌株进行了综合的分类鉴定。最终将这84株金针菇菌株和27株标准菌株综合分成了71类。