神曲,又名六神曲、六曲,始载于《药性论》,是由青蒿、辣蓼、苍耳草、苦杏仁、赤小豆与面粉、麦麸混合发酵而成的传统复方发酵曲剂,在临床上常用于治疗脾胃虚弱、饮食停滞、胸痞腹胀、小儿食积等症。神曲作为临床常用药物,尚未被现行药典收录,各地发酵方法差异较大,质量评价缺少统一可量化的指标,且发酵过程复杂难以控制无法聚焦影响其质量的关键因素,限制了神曲的深入研究及临床应用。因此,本研究通过全面分析神曲发酵前后化学成分的变化规律,系统研究发酵时节和发酵方式对神曲发酵质量的影响,聚焦于神曲炮制过程中氨基酸类成分的变化规律以及基于网络药理学预测氨基酸类成分治疗胃肠疾病的作用机制,从而揭示影响神曲发酵的关键因素和发酵过程中的质量标志物,为构建科学合理的质量控制方法奠定基础。1、通过UHPLC-Q-Orbitrap HRMS技术,分别对神曲发酵前后的主要化学成分进行鉴定,并以各化合物的相对峰面积为变量进行统计分析,比较发酵前后化学成分差异。从发酵前和发酵后的神曲样品中分别鉴定出54个和44个化学成分,包括有机酸、黄酮、氨基酸等。通过统计分析发酵前后各化学成分的差异,发现在发酵后神曲中脯氨酸、酪氨酸、亮氨酸等氨基酸成分显著增加,苦杏仁苷、野黑樱苷、绿原酸、隐绿原酸等11个成分几乎完全降解。2、参照《中华人民共和国卫生部药品标准·中药成方制剂》收载方法制作神曲软材,考察神曲软材在不同时节以及不同发酵方式下的发酵特征。研究结果表明,不同发酵时节和发酵方式均会对神曲的发酵程度和发酵质量产生显著影响。以菌丝长度、颜色以及分布均匀度为指标,最终优选出保鲜膜（扎9孔）覆膜发酵的方法。3、采用柱前衍生结合UPLC-PDA技术,以异硫氰酸苯酯乙腈溶液为衍生化试剂,构建了神曲中天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、甘氨酸、谷氨酰胺、组氨酸、丙氨酸、脯氨酸、酪氨酸、缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸的含量测定方法。方法学研究结果表明,14个氨基酸成分具有良好的线性关系（r~2＞0.999）,日内精密度RSD≤1.5%,日间精密度RSD≤2.9%,重复性结果RSD≤1.6%,稳定性试验RSD≤1.6%,加样回收率结果为93.8%-108.4%,RSD≤2.5%。应用此方法对21批次神曲进行了氨基酸类成分的含量测定,结果表明不同批次神曲中氨基酸类成分含量差异较大。4、用已建立的分析方法测定不同发酵天数神曲样品、干燥前后神曲样品以及不同神曲炒制品中氨基酸类成分的含量,分析在炮制过程中氨基酸类成分的变化规律。结果表明,在发酵过程中,氨基酸类成分的含量呈现显著增加的趋势;干燥前后大部分氨基酸类成分含量差异性较小,部分氨基酸类成分如甘氨酸、缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸等在干燥后含量显著增加;神曲麸炒后氨基酸类成分含量降低,如天冬氨酸由1.262 mg/g降至1.073 mg/g,谷氨酰胺由4.377 mg/g降至3.124 mg/g,苯丙氨酸由1.315 mg/g降至1.185 mg/g;炒焦后氨基酸类成分含量显著降低,其中谷氨酸、组氨酸、酪氨酸、缬氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸在炒焦后含量低于检测限。5、基于网络药理学方法对氨基酸类成分治疗胃肠疾病的作用机制进行预测。通过Swiss Target Prediction、Gene Cards等数据库获取氨基酸成分与活性和疾病相关的关键作用靶点,利用关键靶点构建蛋白互作网络并进行KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建“神曲氨基酸成分-靶点-疾病、生物活性”网络。分析结果表明,获得氨基酸类成分在发挥抗炎、抗氧化、抑菌活性作用中的关键靶点170个,涉及到34条代谢通路;获得在治疗呕吐、消化不良、便秘的作用中的关键靶点151个,涉及到24条代谢通路。神曲中的氨基酸成分主要通过ADORA3、NOS1、PEPD等靶点发挥抗炎、抗氧化、治疗呕吐、消化不良等作用,从而达到治疗疾病的目的。