研究背景与目的:结直肠癌（Colorectal cancer,CRC）是癌症相关死亡的第三大恶性肿瘤。流行病学分析显示,50%以上的CRC患者存在肝转移。随着医疗技术的进步,CRC的治疗也在不断优化,但对于晚期转移性CRC患者仍然没有有效的治疗方法。长链非编码RNAs（long Non-coding RNAs,lncRNAs）可以通过多种方式调控基因表达,参与肿瘤的发生和发展。LncRNAs可以被N6-腺苷酸甲基化（N6-methyladenosine,m6A）修饰,调控多种生理和病理过程。然而,lncRNAs和m6A修饰在CRC中的具体作用机制尚未完全阐明。因此,在CRC中建立lncRNAs及m6A修饰的转录图谱,对于深入研究lncRNAs在结直肠癌细胞中的生长、转移和侵袭中的作用具有重要意义。材料与方法:1.在我院收集5对术前未接受化疗和放疗手术切除的CRC组织及癌旁组织（Nomal control,NC）标本,提取RNA,进行RNA-seq及MeRIP-seq。2.经过MACS软件识别每个样本中的甲基化位点后,由diffReps鉴定差异甲基化位点。使用cuffdiff软件（v2.2.1的一部分）获得转录本水平的lncRNAs的FPKM值形成lncRNAs的表达谱,根据样本之间的多重变化和p值识别差异表达的lncRNAs。利用RT-qPCR检测差异分布的lncRNAs验证测序结果的准确性。通过GO和KEGG通路分析表达及m6A修饰存在差异的lncRNAs邻近基因。3.将RNA-seq和MeRIP-seq测序数据联合分析,确定在CRC与NC组织中m6A水平、m6A水平与lncRNAs表达水平的相关性,并鉴定差异甲基化及差异表达的lncRNAs。4.我们从CRC相关的lncRNAs中筛选出甲基化fold change＞7的lncRNAs 和表达 fold change＞2.5 的 lncRNAs。基于 Miranda 和TargetScan的miRNA-靶基因预测软件,对筛选的lncRNAs结合miRNAs和mRNAs进行预测。使用Cytoscape（v3.7.1）绘制了内源竞争RNA（Competing endogenous RNAs,CeRNA）网络。筛选与 CRC 相关的差异表达的lncRNAs,计算lncRNAs与mRNA表达水平的Pearson相关系数,并使用Cytoscape（v3.7.1）绘制编码和非编码共表达（Coded and non-coded,C N C）网络。结果:1.在CRC组织的6690个lncRNAs中共检测到8332个m6A峰,在NC组织的5513个lncRNAs中检测到7064个m6A峰,大约91%的lncRNAs有独特的m6A修饰峰。根据m6A甲基化lncRNA与mRNA的位置关系分类,大部分lncRNAs含有外显子重叠的m6A位点。m6A峰在CRC组织的双向组中表现出更高的改变倍数。然而,在癌旁正常组织中,自然反义组的m6A峰具有较高的改变倍数。2.CRC中差异甲基化的lncRNAs共有383个,其中65.5%低甲基化,34.5%高甲基化,48.24%长度为1-1000 bp,主要分布在1、2、7、11、16和19号染色体上;GO分析显示m6A修饰存在差异的lncRNAs邻近基因主要涉及细胞周期阻滞、DNA复制、分解代谢过程的调节、RNA结合等生物学过程。KEGG分析这些邻近基因主要富集于谷氨酸突触、硒化合物代谢、钙信号通路及Rap1信号通路。3.RNA测序鉴定出163个CRC中差异表达的lncRNAs,其中44个上调,119个下调。GO分析显示表达存在差异的lncRNAs邻近基因与细胞增殖发育,细胞外基质分解、胞外区域、钾离子通道调节活性等相关。KEGG分析显示这些邻近基因与多巴胺能突触、胰岛素信号转导和Wnt信号转导通路相关。4.CRC组织lncRNAs的m6A水平与NC组织lncRNAs的m6A水平呈正相关,CRC组甲基化水平高于NC组。在CRC和NC两组中甲基化与lncRNAs表达水平呈正相关。未被m6A修饰的lncRNAs比例大于被m6A修饰的lncRNAs比例。5.我们构建了 CeRNA及CNC调控网络,其中ceRNA调控网络预测了 16个lncRNAs、80个miRNAs和400个mRNAs之间的调控关系;CNC调控网络预测了 12个lncRNAs和15 8个mRNAs之间的调控关系。结论:1.m6A甲基化和lncRNAs表达在CRC和NC组织之间存在显著差异。2.差异甲基化或表达的lncRNAs邻近基因显著富集于与CRC的发生发展相关的生物学和信号通路。3.CRC和NC中甲基化与lncRNAs表达水平呈正相关,甲基化下调了 lncRNAs的表达。4.CeRNA 和 CNC 调控网络揭示了 lncRNAs、miRNAs 和 mRNAs 之间的调控关系。