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重庆是我国辣椒的主产区和集中消费区之一,近年来辣椒病毒病危害严重,严重影响产量和品质。为了弄清辣椒病毒病的主要毒原,本研究分别于2013年和2014年从重庆北碚、彭水、武隆、万州、石柱、巫山、巫溪、永川、九龙坡、涪陵、秀山及合川等12个区县采集了278份辣椒病毒病样品。利用烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus, TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus, TuMV)、蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)、番茄花叶病(Tomato mosaic virus, ToMV)及番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus, TSWV)的特异性血清,采用斑点免疫杂交法(Dot-ELISA)进行检测。结果显示,从病毒总检出率来看,CMV的总检出率最高,达56.47%；TMV其次,为33.45%；TSWV的总检出率最低,仅为14.39%。辣椒上病毒病复合侵染现象普遍且类型多样,最主要的复合侵染类型包括TMV+CMV, TMV+TuMV 及 TMV+CMV+TuMV, 其中 TMV+CMV的总检出率最高,为14.38%。从各地区辣椒发病情况来看,石柱地区受病毒病侵染最严重,6种病毒的总检出率均超过30.00%。根据Genbank中已登录的序列设计特异性引物,本研究建立了辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus, PMMoV)、辣椒叶脉斑驳病毒(Chilli vein mottle virus, ChiVMV)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY)、TSWV及TuMV的RT-PCR检测体系。扩增得到了重庆辣椒上PMMoV、PVY及TSWV的CP基因序列和ChiVMV、TuMV的部分CP基因序列。序列测定及分析表明：PMMoV重庆分离物PMMoV-WL02与中国的2个分离物PMMoV-BD和Guizhou的相似性最高,为99.2%；ChiVMV重庆分离物ChiVMV-WZ07与中国苋色藜上分离物Pp3相似性最高,达99.8%%；PVY重庆分离物PVY-BB31与中国河北马铃薯上分离物HeB20相似性最高,为98.5%,属于PVY普通株系(PVYO);TSWV重庆分离物TSWV-SZ21与中国2个分离物CG-1和KM-T相似性最高,为99.6%,这4种病毒的系统进化均表现出一定的地理相关性。TuMV重庆分离物TuMV-WZ08与中国油菜上的分离物Baoji2和Xianyang3的相似性最高,达99.5%。通过血清学和分子检测发现重庆地区辣椒普遍受TMV、CMV、TuMV、 BBWV-2及PMMoV的侵染,且辣椒上病毒复合侵染现象复杂多样。本研究建立了同时检测TMV、CMV、TuMV、BBWV-2及PMMoV等5种主要辣椒病毒的多重RT-PCR体系,并对该检测体系的扩增条件和参数进行了优化。将单一RT-PCR检测结果与多重RT-PCR结果进行比对,证实了该体系检测结果的准确性,同时提高了检测效率,降低了检测成本,可用于田间大量样品的快速检测。本研究运用Dot-ELISA和RT-PCR技术,明确了重庆地区辣椒病毒病的病原种类,其中,TuMV侵染辣椒在我国属首次报道,从辣椒上检出PMMoV、ChiVMV、 PVY和TSWV是重庆地区的首次报道。