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绵羊是许多国家的国民经济中占有重要地位的家畜之一,拥有许多重要的可遗传的经济性状,同时也是重要的模式动物之一。但是,目前我们对绵羊的基因组信息知之甚少。研究绵羊MHC classⅠ区段基因组成旨在寻找并研究与重要经济性状紧密相关以及与绵羊对疾病的感抗性相关的基因。本研究构建了以绵羊五种组织为材料的cDNA文库,并分析绵羊MHC classⅠ区段基因的组成,应用生物信息学软件对该区域进行基因注释,利用32P末端标记BAC克隆探针制备及杂交筛选绵羊MHC classⅠ区段374N21BAC克隆。主要研究内容如下:
㈠采集绵羊五种内脏器官构建绵羊cDNA文库。对文库中的阳性克隆进行酶切鉴定,将酶切片段大于500bp的阳性克隆测序,测序结果经过软件去除酶切位点和载体,Blaxtn和GeneBank公共数据库进行比对分析。对覆盖绵羊MHC classⅠ区段的11个BAC克隆测序后用GenScan软件预测基因组成,在GenBank公共数据库中BlastX比对分析,获得的信息在KEGG数据库进行基因注释。用GeneQuest软件分析绵羊MHC classⅠ区段374N21BAC克隆酶切位点,选择限制性内切酶BseD I酶切后32P末端标记制备探针,经Omega E.Z.N.A DNA Probe Purification Kit纯化后分析探针质量后杂交筛选绵羊cDNA文库。
㈡成功构建绵羊cDNA文库,文库的插入片段在0.5~3.0kb之间,平均大小为1.5kb,初级文库库容量为3.280×105pfu,扩增文库的滴度为4.405×108pfu/ml,重组率为98.4%,获得的数据表明该文库质量较高。鉴定了256个阳性克隆,经过比对分析后提交至GeneBank,并获得登录序列号。覆盖绵羊MHC classⅠ区段的11个BAC克隆共预测出基因数123个,其中编码抗体基因19个,占预测基因总数的18%。未知基因39个,占预测基因总数的32%。并明确预测基因在BAC克隆上的分布情况。限制性内切酶BseDI酶切结果与软件分析一致。纯化后探针分布在0.5~2.0kb之间,纯化回收效率为60%。探针质量较好,可以用于筛选绵羊cDNA文库。