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由隐孢子虫感染引起的疾病称隐孢子虫病(cryptosporidiosis),为新发传染病。隐孢子虫卵囊可通过污染水源和食物引起该病的爆发和流行,严重威胁婴幼儿、免疫功能缺陷患者身体健康,影响畜牧业生产。全球已有多起大规模隐孢子虫病爆发。隐孢子虫种类多,目前认为有20多个有效种,其中11种为人畜共患。基因型更为复杂,有60多个基因型的虫种地位有待明确。上海及周边地区隐孢子虫分布鲜有报道,迫切需要开展相关研究。目的弄清上海及周边地区人和动物感染隐孢子虫的虫种和基因型以及水体隐孢子虫污染情况,为该地区隐孢子虫病溯源及其风险评估奠定基础,特别是为大型城市国际性活动(上海世博会)期间可能的隐孢子虫病突发公共卫生事件提供应急技术储备。材料与方法(1)人粪便样本：采集1819份易感人群粪便样本,包括上海947份腹泻患者、镇江670份腹泻患者、上海114份AIDS住院和门诊患者以及88份绍兴某幼儿园儿童。动物粪便样本：采集208份猪粪便样本(上海134份、浙江绍兴74份)、204份上海养牛场牛粪便样本、上海某动物园84份犬和猫等哺乳动物粪便样本。(2)水源样本：采集72份水源样本,包括上海市世博园周边3个区自来水厂原水(4份)和出厂水(4份)、2个区的污水处理厂进水(11份)和出水(10份)、1个区的主要河道水(6份)、动物园排污水(10份)、上海和绍兴动物养殖场排污水(23份)和养殖场周围污水(4份)。QIAamp DNA Stool Mini Kit提取粪便、污水沉淀(污水厂进水、养殖场排污水、周边污水和动物园污水先离心沉淀)及USEPA1623法检测阳性水样(自来水厂原水和出厂水、污水处理厂出水和河道水)沉淀中隐孢子虫卵囊DNA,基于隐孢子虫18S rRNA基因进行巢式PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物,阳性样本进行核苷酸序列测定,运用BLAST、ClustalX 1.83和MEGA 4.1进行序列分析。结果(1)人粪便样本5份隐孢子虫阳性均为上海地区样本,其中腹泻患者阳性率为0.31%(3/947)、HIV感染或AIDS患者为1.75%(2/114)；动物粪便样本共121份阳性,上海地区猪隐孢子虫阳性率为29.10%(39/134)、牛为17.65%(36/204)、犬为27.37%(5/19)、羚牛1份(1/1)；浙江绍兴地区猪阳性率为54.05%(40/74)。以Neighbor Joining构建序列生长发育树,结果显示：腹泻患者感染火鸡隐孢子虫、AIDS患者感染人隐孢子虫和猫隐孢子虫；猪主要感染隐孢子虫猪基因Ⅱ型和猪隐孢子虫,并具有年龄相关性分布特征,断奶前主要感染猪隐孢子虫,断奶后主要感染隐孢子虫猪基因Ⅱ型；牛主要感染安氏隐孢子虫和牛隐孢子虫；犬主要感染犬隐孢子虫,羚牛感染安氏隐孢子虫。(2)水源样本中,USEPA1623法检测仅在上海世博园周边某区某河道中发现隐孢子虫阳性1份；巢式PCR检测8份阳性,基因分型结果显示为安氏隐孢子虫(3份)、隐孢子虫猪基因Ⅱ型(3份)和犬隐孢子虫(2份)。结论结果表明上海及周边部分地区易感人群和部分动物存在隐孢子虫感染,部分水样被隐孢子虫污染,阳性样本基因分型分析均为人兽共患性隐孢子虫虫种或基因型,因而存在潜在的公共卫生问题。因此,加强人和动物的粪便管理和水的净化处理,以及隐孢子虫病监测,对预防和控制隐孢子虫病的爆发和流行具有十分重要的意义。