厌氧氨氧化过程是水生生态系统氮循环中的氮转化新途径，并在自然界氮素的转化过程起着重要的作用。但对于这一过程中起作用的微生物厌氧氨氧化菌的生态学特性以及这一过程在环境污染物微生物修复中的应用研究还仅仅是一个开端。本论文在前人研究的基础上，开展了以下两个方面的工作： (1)采用分子生物学技术荧光原位杂交(FISH)、多聚酶链式反应(PCR)、DNA克隆和测序等对采自江苏省苏州市、东太湖、新沂河等6个底质样品进行了厌氧氨氧化菌和传统氨氧化菌的原位检测； (2)探讨了以底质作为接种体进行厌氧氨氧化菌富集培养的可行性，为天然底质环境中厌氧氨氧化过程的强化，富营养化底质微生物修复的可行性提供一定的依据。 通过上述研究，主要得出了以下结论： (1)在新沂河底质样品XYR2中检测到了厌氧氨氧化菌，系统发育分析表明该细菌是Brocadia的新种类； (2)新沂河底质样品XYR1和XYR2中存在属于planctomycetes新分支的微生物，这些微生物的功能特性有待进一步研究； (3)新沂河底质样品XYR2中至少存在两种亚硝酸单胞菌属的好氧氨氧化菌，一种属于亚硝酸单胞菌属的群组6b，与Nitrosomonas marina相似，另一种属于亚硝酸单胞菌属的群组5。这一结果说明好氧和厌氧氨氧化细菌可以在自然环境中共同生存； (4)底质样品厌氧氨氧化菌的连续培养试验由于时间的限制，尚不能得出关于厌氧氨氧化菌富集培养成功与否的结论，但为后期试验提供了一定的依据。