2010年《最高人民法院关于案例指导工作的规定》的出台标志着案例指导制度在我国正式确立,作为一项判例领域新的制度尝试,自确立至今已经过了十年的发展实践,对于统一法律的适用、填补法律漏洞方面起到了一定的成效,但是在目前的司法适用现状中也反映出总体援引率低、援引方式中隐性援引比重较大、案例工具主义观显露等运行困境,除了制度本身的缺陷、指导性案例效力不明和适用机制的缺乏等外在原因,制度运行背后更深层次的成因更值得去探究。本文通过对案例指导制度的基本理论进行梳理,对司法实践中的适用情况进行数据分析,指出在案例指导制度司法实践中的运行困境,并进一步分析指出困境的成因在于我国现行司法体制环境的制约、法官思维模式的束缚以及社会舆论的影响这三个层次的原因,归根结底在于我国目前司法治理能力的不足。法官自由裁量权受到约束、配套保障措施缺乏,在我国现行的成文法体制下指导性案例能够发挥的空间十分有限,在此背景下案例指导制度的运行是困难的,该制度从诞生之初就注定会举步维艰。指导性案例功能发挥需要良好成熟的司法治理能力予以配合,因此,对于案例指导制度未来的完善路径,不仅要学习域外成熟的技术经验以及配套的体制保障措施,更要注重基层司法体制改革的不断推进,充分调动法官的司法能动性,激活裁判说理,发挥指导性案例在价值观指引层面上的作用,在实现同案同判的形式正义的基础之上追求个案实质正义的实现,提升司法治理能力和水平,进而为推进国家治理体系和治理能力现代化助力。