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盐渍和干旱是严重威胁水稻生产的两大非生物逆境胁迫因素,培育单抗或多抗的水稻品种是保证水稻高产和稳产的有效途径之一。水稻耐盐属于复杂的数量性状遗传,深入了解水稻耐盐遗传机制,有助于从分子水平改良水稻耐盐性,提高育种效率。本研究利用显性雄性核不育材料构建的轮回选择群体,选育高产、抗旱和耐盐的水稻材料;利用耐盐、抗旱和高产选择育种群体和随机分离群体进行目标性状QTL（quantitative trait loci）定位和候选基因分析;通过多群体联合分析定位影响全生育盐胁迫条件下产量及其相关性状的QTL;对高产、抗逆育种材料的蒸煮品质相关性状进行了分析。主要研究结果如下:1.利用轮回选择群体选育高产、抗旱和耐盐的水稻材料利用显性雄性核不育材料“佳不育”,构建了两套轮回选择群体,经过两轮次的轮回重组,将可育株上混收的种子寄送到国际水稻研究所进行高产、抗旱和耐盐的定向筛选及交叉筛选以及产量性状评价,最终得到优于对照的11个高产株系,12个抗旱株系和12个耐盐株系。其中,1个株系同时具有高产、抗旱和耐盐的特性,3个株系同时具有抗旱和高产的特性,3个株系同时具有抗旱和耐盐的特性。2.利用选择育种群体定位影响水田、旱田和盐田环境下产量及其相关性状QTL利用两个高产抗旱导入系GPDQ3和GPDQ4杂交得到的F2群体,经耐盐–耐盐（S–S）的定向筛选,以及耐盐–抗旱（S–D）和耐盐–高产（S–Y）的交叉筛选,最终分别得到91个、45个和27个株系。同时利用单粒传法得到200个个体的F4随机群体。将这些株系在2016年旱季和雨季同时种植于盐田、旱田和正常水田进行产量及其相关性状的考察。利用tGBS（tunable genotyping by sequencing）的方法对这些材料进行SNP基因型的测定,最终得到2,188个高质量的SNP（single nucleotide polymorphism）标记用于QTL定位。利用偏分离的方法对3套选择群体进行QTL定位,分别检测到18、9和10个显著偏分离的染色体区段,其中4个qSD（QTL detected by segregation distortion）在随机群体中得到验证。利用3000份水稻基因组测序项目的高密度SNP标记信息进行候选基因分析,获得了8个QTL区段的293个候选基因。结合基因的功能注释,确定了15个最可能的候选基因。3.苗期耐盐QTL定位利用GPDQ3和GPDQ4杂交得到的F4随机群体进行水稻苗期耐盐的表型评价,获得28个耐盐株系（耐盐级别为1–3级）。通过连锁分析定位到2个影响耐盐级别的QTL（q SES2和qSES4）和叶片叶绿素含量的QTL（qChlo1和qChlo4）,其中qSES4和qChlo4被定位在相近的位置。并且这2个影响耐盐级别的QTL（qSES2和qSES4）也被选择基因型法定位到。结合祖亲本的32M SNP标记信息和亲本染色体片段来源,对这3个QTL q SES2、qSES4（q Chlo4）和q Chlo1区段分别确定了13、34、和40个候选基因。根据基因的功能注释,找到12个与已知耐盐相关基因具有类似的功能的最可能候选基因。4.全生育期盐胁迫条件下水稻产量及其相关性状QTL定位利用8套以黄华占为受体亲本、8个不同供体亲本的选择回交导入系群体（BC1F5）,进行连续两年的全生育期盐胁迫条件下产量及其相关性状的考察。通过多群体联合分析进行QTL定位并估计每个等位基因的效应值。共检测到影响产量及其相关性状（穗数、穗长、实粒数、结实率和千粒重）的25个QTL区段,其中8个QTL区段包含以往定位到耐盐相关基因/QTL。在每个QTL上都检测到具有不同效应值的多个等位基因。利用0.4M的高密度SNP标记并选择合适的导入系材料,对两个环境稳定QTL qGY2和qSSR2进行精细定位,分别将候选区段缩短到93 kb和168 kb,含有16个和29个注释基因。5.高产、抗逆材料蒸煮品质性状分析对选育的671份高产、抗逆育种材料测定直链淀粉含量、糊化温度和RVA特征等性状,通过聚类分析获得了一些与已知优质水稻品种具有类似蒸煮品质参数的育种材料,为高产、抗逆和优质育种提供了材料基础。