十九大公报中提出,中国经济社会的发展离不开实体经济的发展。制造业已经成为实体经济发展的主要动力,是中国国民经济由高速度发展阶段逐步走向高质量发展阶段的主要推动力。制造业工业发展的综合能力则是反映一个国家整体经济实力和竞争力的代表性指标。改革开放以来,我国的制造业企业产值上升速度很快,并逐步成为全球的制造业强国。这一切的变化都要归功于企业不断的进行创新发展,而制造业企业的创新发展也离不开我国政府的扶持与帮助。其中,各地政府采取了税收优惠、财政补贴等一系列的手段,全方位支持制造业企业创新。在众多政策中,税收优惠政策最为常见和多样,对企业的创新和发展起到了重要作用,税收优惠政策的实施效果和企业创新发展机制都值得进一步关注和研究。本文通过整理国内外与税收优惠和企业创新研究相关的文献的基础上,理清了自己的研究思路。首先,对税收优惠、企业科技创新等基本概念进行阐述,并引入创新、市场失灵、信息不对称、企业资源基础和企业治理理论为后文的研究提供理论基础。其次,对税收优惠和企业创新现状进行分析,并从税收优惠对研发投入、税收优惠对研发产出及研发投入的中介作用三方面分析其作用机理。最后,选取中国新三板制造业上市公司2010-2019年2938家公司的面板数据进行研究,采用双向面板固定效应模型,研究处于不同生命周期的中国制造业企业,所得税与流转税优惠对制造业企业研发投入、产出的影响,分地区和行业进行异质性分析,并检验研发投入R＆D在两种税收优惠方式对企业研发产出成果的影响中是否发挥了中介作用。通过实证分析,得出以下结论,（1）基准回归结果显示,所得税与流转税税收优惠均正向激励制造业企业研发投入;所得税优惠一定程度上促进了制造业企业的研发的产出,但流转税优惠对其影响不显著。（2）制造业企业生命周期异质性分析结果显示,两种税收优惠方式对成长期制造业的研发投入有着积极影响,所得税优惠显著激励成长期制造业企业的研发产出。（3）行业异质性分析结果表明,所得税优惠促进机械电子和资源加工行业的研发投入和产出,流转税优惠促进机械电子研发投入。（4）地区异质性分析结果表明,所得税优惠促进东部地区研发投入与研发产出。（5）中介效应检验结果表明,以R＆D投入作为中介变量,在所得税优惠和制造业企业研发产出中存在着部分中介效应,但在另一种税收优惠方式流转税优惠和企业的研发产出间则不存在中介效应。基于以上的结论,提出以下政策建议,（1）保证政策连续性,增强政策稳定性。（2）扩大优惠所涉阶段,注重成果转化。（3）完善配套措施,加强政策监管。（4）针对不同制造业行业,实施不同优惠政策以明确产业导向。（5）针对不同企业生命周期,提供不同优惠策略及帮助。