L-肉碱是人体必需营养素,且可用作减肥的保健品。内蒙古绒山羊肌肉中肉碱含量较其他动物高,而且目前没有关于不同部位肌肉中肉碱含量情况的研究,也不清楚调控肉碱含量的相关基因。因此,找出调控肉碱含量的基因,对于今后有关肉碱的研究及羊肉精细分割出售具有重要意义。本研究以内蒙古绒山羊为研究对象,利用高效液相色谱法(HPLC)测定了绒山羊不同部位肌肉组织中总肉碱含量,通过RNA-Seq技术对肉碱含量较高的股四头肌,以及肉碱含量较低的股二头肌以及心脏转录组文库进行高通量测序,对差异基因进行功能注释和富集性分析,将肉碱相关基因与差异基因中结合筛选出绒山羊骨骼肌高肉碱含量的候选基因,从而为进一步研究绒山羊骨骼肌肉碱含量提供研究依据与思路,为实现绒山羊肉类精细分割,为给企业创造更大的利润提供可能。本研究主要研究结果如下：1、利用HPLC测定了绒山羊12个不同部位肌肉总肉碱含量。其中骨骼肌肉碱含量(1203.53-1231.53mg/kg)整体高于心肌(413.45-479.45mg/kg);骨骼肌中半膜肌含量最高,股四头肌次之,股二头肌最低；总体上肉碱含量为：后腿肌肉>肩背部肌肉>前腿肌肉。2、成功构建了内蒙古绒山羊股二头肌、股四头肌和心脏转录组文库,利用RNA-Seq技术进行高通量测序,得到7.2GB原始测序数据。通过TopHat软件比对分析,得出股二头肌与股四头肌差异表达基因共1864个；股二头肌与心脏差异表达基因共993个；股四头肌与心脏差异表达基因共2770个。3、差异表达基因GO功能注释结果表明：差异基因主要与肌肉发育、葡萄糖代谢、ATP代谢、氧化磷酸化、泛素化、囊泡介导的转运和线粒体相关；KEGG通路富集分析表明：差异基因主要参与PPAR信号通路、胰岛素信号通路和MAPK信号通路。4、结合Geneontology网站上的肉碱相关基因,筛选出绒山羊骨骼肌高肉碱含量的9个候选基因,分别为：PDZK1、CDV3、ACADL、PRKAA2、PRKAB2、MOBAT1、 NAT6、PLA2G15和HRASLS。5、进化树分析可知：PDZK1、CDV3、ACADL、PRKAA2、MOBAT1、PLA2G15和HRASLS在山羊、绵羊和牛,大鼠和小鼠中同源性高,且保守性强；山羊PRKAB2与其他物种同源性低且变异大；鸡的PDZK1、CDV3、PRKAA2、PRKAB2、MOBAT1、 PLA2G15和HRASLS基因与其他物种的同源性均较低。