微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1与肌球蛋白VI相互作用位点的计算机预测

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本文首先从结构角度出发,由于微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1的结构信息缺失,我们在SWISS-MODEL工作平台上,构建了该蛋白质的同源结构作为配体信息。同时利用SYBYL7.0软件,对配体和受体肌球蛋白VI的结构数据进行了预处理。 其次将受体与配体信息载入AutoDock软件中,选取遗传算法,生成根据大分子蛋白质的结构计算得到的各种原子探针的能量网格图文件,并以此为依据进行分子对接,生成10个优化后的配体信息,筛选出最合理的结构模型。 最后通过对最终复合物的结构分析,预测微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1和肌球蛋白Ⅵ的作用区域,并找出受体肌球蛋白Ⅵ中的相关残基PHE43、LYS105、THR676和LEU40,即可能成为相互作用位点的重要残基,为进一步实验研究提供了重要信息。
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