新中国成立以来，我国高等教育体制经历了两次重大改革，一是始于50年代的全国院系大调整，二是始于90年代的高校大合并。我国政府作为高等学校的主要举办者，在历次院系大调整、高校合并进程中始终发挥着举足轻重的作用，政府行为、政府干预对于推进我国高等教育体制改革的不断深化具有十分重要的意义。50年代的院系大调整是在中央政府的一手操办下完成的，是“国家权力对教育的一次重塑”1。90年代，政府行为是促成高校实质性合并重组的重要力量，在政府的主导和推动下，高等学校的合并实现了“1+1<1”的组织预期，高等教育管理体制改革取得了突破性进展。　　 本文以辩证唯物主义和历史唯物主义为理论指导，坚持宏观与微观相结合的原则，运用高等教育学、公共管理等的相关理论，采用文献分析法、个案分析法等研究方法，分五个部分系统阐述了20世纪90年代政府行为、政府干预对高校合并的作用与影响。文章第一部分从高等教育体制的内外因素入手客观分析了世纪之交的高校合并现象产生的时代背景；第二部分从高校合并的历程和动力源两个方面，概要地回顾了90年代我国高等学校合并的历史进程，客观地分析了高校合并现象产生的深层次原因；第三部分运用高等教育学、公共管理等有关理论，实事求是地分析了政府在高校合并进程中的干预方式、行为表现及其影响；第四部分从高等学校在新形势下所肩负的新的历史使命出发，深入阐述了政府转变高教管理职能的必要性和迫切性；文章的最后一部分，从我国国情和高等学校发展的现实需要出发，建设性提出了政府转变职能的若干政策性建议。　　 通过分析，本文认为，经过世纪之交的-高校大合并，我国高等教育宏观的结构与布局、微观的高等院校内部管理体制基本确立，高等学校进入了一个大发展、大提高的战略机遇期。合并类高校在实现了“1+1<1”的组织预期后，面临着新的发展形势、肩负着新的历史使命，要实现大发展、大提高，进一步达到“1+1>2”的功能预期，关键是要建立现代大学制度制度，而建立现代大学制度的核心是正确处理政府与高校的关系。建立现代大学制度，促进合并高校的大发展，不仅不能削弱政府对高等教育的管理职能，而且要在合理界定政府权力与责任边界的基础上，重建政府对高等学校的行为理念和行为方式，进一步强化政府的管理职能。