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植物是一个复杂的微生态系统,它的各个组织都栖息着丰富多样的内生菌。内生菌是植物微生态重要的组成部分,在与植物长期互作共生过程中,构成了复杂多样的群落结构,并具有重要的生物学功能。野生稻在长期的自然选择作用下,积累了大量优良的性状,是作物育种中重要的种质资源。研究野生稻中内生菌群落结构的多样性及其影响因素,对于了解内生菌的动态变化和分布规律,揭示微生物与植物间互作机制有重要意义。本研究收集来源自4大洲,共17个国家,6种基因型,17个品种的野生稻,利用高通量测序技术系统全面地研究内生细菌的群落结构和多样性,并通过生物信息学和多种统计学的方法,分析多种因素对内生菌群落结构的影响。结果表明,野生稻蕴含着丰富多样的内生细菌资源,分别属于细菌31个门,78个纲,其中主要是Proteobacteria(变形菌门),Bacteroidetes(拟杆菌门),Firmicutes(厚壁菌门),Actinobacteria(放线菌门),Verrucomicrobia(疣微菌门),所占比例分别为78.86%,10.63%,7.24%,2.72%,0.21%,是野生稻的优势菌群,但在不同样品之间存在差异。统计学分析结果显示,不同基因型(gene type)野生稻中内生细菌在Shannon指数、物种均匀度以及系统发育多样性上都没有显著差异。在茎组织中,FF型野生稻中相对丰度显著差异的物种是芽孢杆菌(Paenibacillus sp.);在根组织中,BBCC型野生稻中相对丰度显著差异的物种是Fluviicola sp.,FF型野生稻相对丰度显著差异的物种是Novispirillum sp.,表明野生稻的基因型对于内生细菌多样性没有明显的影响。不同种(speices)野生稻中,南方野生稻(O.meridionalis)与短药野生稻(O.brachyantha),小粒野生稻(O.minuta),普通野生稻(O.ruffipogon)在Shannon指数、物种均匀度以及系统发育多样性方面都存在显著性差异(p<0.05),并且采集的17种野生稻中有12种存在差异菌群,特别是澳洲野生稻(O.australiensis)中相对丰度显著差异的物种数量最多,表明不同种类的野生稻之间存在明显的差异。野生稻不同组织(site)中,叶子和根,根与茎在内生菌Shannon指数和系统发育多样性上存在极显著差异(p<0.001),在物种均匀度方面存在显著差异(p<0.05)。PCoA显示来自根茎叶不同组织的样本沿着主次柱坐标明显分开,并且在根和茎组织分别发现11个和1个相对丰度显著差异的物种,这些都证明了不同组织部位是影响内生细菌多样性的主要因素。不同国家地区来源的野生稻之间,在Shannon指数和系统发育多样性上具有显著差异(p<0.05)。LEfSe显示来源自4大洲,9个国家的野生稻都存在相对丰度显著差异的物种,其中来源于非洲的马达加斯加的野生稻有37个菌属,这表明了不同地理来源会影响野生稻内生细菌多样性。典型性关联分析(CCA)表明,野生稻理化性质与一些菌群呈明显的正相关,其中TP对微生物群落结构的影响最大,表明理化性质也是影响野生稻内生细菌多样性的因素之一。同时通过构建共丰度OTU网络,发现一些关联密切的菌群,表明野生稻内生细菌具有复杂的种间关系。