新疆是中国能源及矿产资源富集区和战略接替区。矿产资源综合评价名列全国第二，潜力高居第一。西部大开发战略的实施为新疆矿产资源开发带来千载难逢的机会。国家逐年加大矿产资源勘探开发投资力度，矿产资源产量逐年提高。矿产资源开发企业所创造的产值已成为新疆国民生产总值高速增长的主要动力。但是，矿产资源开采及加工业的迅猛发展并没有为新疆经济社会全面发展带来现实的好处。各民族在共同发展的道路中没有切身感受到矿产资源开发为他们带来的生活富裕和财富增长。同时由于矿产资源的低成本、掠夺式开采，造成矿山环境恶化，严重影响新疆矿产资源可持续发展。因此，为解决矿产资源开发过程出现的上述问题，有必要对决定中央、地方和企业矿产资源开发利益的税费政策进行进一步调整和完善。　　本文首先，介绍了新疆矿产资源企业发展现状，新疆矿产资源企业产值在新疆国民生产总值GDP中的重要地位。分析矿产资源企业税费设计中，由于缺乏对矿产资源企业特性的研究而出现的增值税税负过高，企业所得税优惠项目不够完善，资源税和矿产资源补偿费性质重复、征收率低、不考虑环境代价和可持续发展，探矿权和采矿权费用征收率低等缺陷，以及这些缺陷所导致的企业亏损、资源浪费、环境污染和“跑马圈地”等问题。　　其次，通过对比近几年矿产资源开发总收益在中央、地方和企业的实际分配情况，分析了为何矿产资源开发没有为新疆经济社会全面发展带来现实好处的原因。之后，通过分析矿产资源主要税费（增值税、企业所得税、营业税、矿产资源补偿费等）在中央和地方的分配比例，进一步解释了矿产资源企业产值与地方财政收入脱节的原因。　　再次，通过分析国外矿产资源企业税费制度，进一步了解发达矿产资源国家在设计矿产资源税费政策时充分考虑企业特性，重视权利金和所得税的征收，降低流转税比重的税费政策设计思路。通过分析国外中央与地方矿产资源税费利益划分方法，进一步了解国外保障矿产资源地利益方面的经验。　　最后，结合前两章分析的基础上提出了，进一步完善新疆矿产资源企业流转税和所得税政策，合并资源税和矿产资源补偿费，建立集合权利金、矿业权使用费和特别收益金为一体的矿产资源有偿使用体系，以及全面提高新疆地方政府在矿产资源开发收益中的分享比例等政策建议。