村民自治作为基层民主的重要形式，对于推进当前中国农村民主化进程具有重要的意义。当前我国的村民自治在取得了一定成绩的同时也存在着诸多问题。在中国经济转型，体制转轨的特定背景下，以村委会为核心的三对矛盾冲突（村委会与村民、村委会与村党支部、村委会与乡镇政府）在我国部分地区表现得尤为突出，已成为推进村民自治需要解决的主要问题。　　本文以利益分析为主线，运用系统论的方法，对村民自治的发展全过程进行了较深入的考察。首先，村民自治的缘起是在中国农村经济结构变迁的背景下产生的，是政府“制度供给”与公众“制度需求”的产物，其实质反映了政府与公众利益的趋同性。其次，村民自治可以理解为利益的输入、整合、转换及输出反馈过程。在每一个阶段，村民自治的运作不仅受制于中国现行政治系统（体制），而且要受制于各“压力主体”（利益主体）的影响。基于此，本文认为，制约当前我国村民自治的深层原因在于相关主体之间（村民、村党支部、乡镇政府）具体利益取向的不同，从而导致了相互的矛盾冲突。当前党支部与村委会、政府与村委会的关系尚未理顺，党支部、乡镇政府正是出于各种各样对自身利益的现实考虑，才造成其与村委会之间的矛盾冲突。最后，文章提出了协调各方利益冲突及规范各方行为的一些切实可行的疏导思路。