本实验采用了线粒体分子标记（D-loop序列和Cytb基因）,对来自广东地区12个草鱼（Ctenopharyngodon idellus）群体470尾鱼进行遗传多样性和遗传结构分析。研究对象来源于成鱼养殖场（C-河源、C-英德、C-珠海、C-茂名和C-中山）、种苗场（F-中山、F-台山、F-河源）、良种场（F-始兴）和野生群体（W-东江、W-西江和W-北江）。结果如下:广东地区草鱼野生群体和养殖群体分析结果为:1)基于D-loop区分析检测到51个多态性位点,51个单倍型,基于Cytb基因分析检测到34个多态性位点,34个单倍型。所有群体中存在一个共享单倍型;2)群体间K2P遗传距离介于0.0030–0.0045之间,北江野生群体与台山良种场群体的亲缘关系最近,与英德养殖场（成鱼）群体亲缘关系最远;3)台山种苗场、珠海养殖场、英德养殖场和河源养殖场与其他群体产生了较显著（P<0.05）遗传分化。分子方差分析显示,群体间变异仅占13.90%,遗传分化指数差异显著（P<0.05）;4)网络结构图中存在2–3个中央单倍型。广东地区野生草鱼群体分析结果为:1)所有群体为高单倍型多样性（Hd>0.5）和低核苷酸多样性（π<0.05）,群体间存在共享单倍型;2)群体间K2P遗传距离介于0.0013–0.0042。西江与东江亲缘关系较远,与北江亲缘关系较近;3)各群体之间均产生了显著（P<0.05）遗传分化,存在基因交流。分子方差分析显示,变异主要在群体内部,群体间变异仅占总变异的5.41%,遗传分化指数差异显著（P<0.05）。4)单倍型系统发育树无独立分支,网络结构图中存在2–3个中央单倍型,单倍型分布无地理差异。广东地区草鱼种苗场、良种场群体分析结果为:1)多数群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性（Hd>0.5,π<0.05）,仅雌核发育的台山种苗场群体出现单倍型多样性和核苷酸多样性双低的情况（Hd<0.5,π<0.05）,群体间存在共享单倍型;2)群体间K2P遗传距离介于0.0035–0.0041。台山群体与中山种苗场的亲缘关系最近,与河源的亲缘关系最远;3)台山群体与其他群体均产生了一定的的遗传分化,此外,始兴良种场与河源种苗场存在显著（P<0.05）遗传分化;4)分子方差分析显示,变异主要在群体内部,群体间变异占总变异的23.75%,遗传分化指数差异显著（P<0.05）。单倍型系统发育树无独立分支,网络结构图中存在2–3个中央单倍型,其他单倍型由此向外发散,台山群体的单倍型类型较单一。广东地区养殖场（成鱼）群体分析结果为:1)所有群体呈现为高单倍型多样性（Hd>0.5）和低核苷酸多样性（π<0.05）,群体间存在共享单倍型;2)群体间K2P遗传距离介于0.0011–0.0049。中山和河源群体的亲缘关系较近,英德与茂名群体亲缘关系最远;3)珠海和英德群体均与其他群体产生了较大的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）显示,变异主要集中在群体内部,群体之间变异占总变异的12.02%,且具有显著（P<0.05）遗传分化;4)单倍型系统发育树无独立分支,网络结构图中存在2–3个中央单倍型,其他单倍由此向外发散,英德群体有独享的中央单倍型。对草鱼不同群体线粒体DNA的D-loop序列和Cytb基因遗传变异进行对比,基于D-loop方法标记的草鱼遗传距离是基于Cytb基因遗传距离的2.2–3.3倍,无定向选择群体的平均核苷酸差异数（K）的Cytb/D-loop比率范围为0.27–0.73,仅雌核发育（存在定向选择）群体异常升高为2.4。不同类型草鱼群体之间Fst的比值（Cytb/Dloop）存在显著（P<0.05）差异,种苗场群体的比值小,养殖场群体则较大。且不同鱼类之间比率均有显著不同,本实验也可为后期研究不同鱼类或同一物种不同群体之间遗传结构特征提供参考。